与食品相关的有三大体系，为食用农产品追溯体系建设、食品追溯体系建设以及主要农业生产资料追溯体系建设。
食用农产品追溯体系建设要求建立食用农产品质量安全全程追溯协作机制，以责任主体和流向管理为核心，以追溯码为载体，以农业投入品和苹果、茶叶、生鲜乳等有条件的农产品为重点，选择部分省辖市、县（市、区和“三品一标”获证单位开展追溯试点，推动追溯管理与市场准入相衔接，实现食用农产品从农田到餐桌全过程追溯管理。
食品追溯体系建设要求以婴幼儿配方食品、肉制品、乳制品、食用植物油、白酒等品类为重点，指导、监督全省食品生产企业建立 食品安全追溯体系，督促企业落实质量安全主体责任，通过统一规范、严格管理，保障追溯体系有效运行。推动追溯链条向食品原料供应环节延伸，实行全产业链可追溯管理。
主要农业生产资料追溯体系建设要求以农药、兽药、饲料、肥料、种子等主要农业生产资料为重点，建设农业生产资料追溯体系，建立农业生产资料电子追溯码标识制度，实施登记、生产、经营、使用环节全程追溯监管，基本形成农业生产资料面上监管无盲区、链上监管无缝隙、点上监管无遗漏的管理体系。
同时，《意见》要求，各级政府要加大对重要产品追溯体系建设运行的资金支持力度，纳入本级政府的财政预算。各省辖市、省直管县（市要将贯彻落实《意见》列入重要议事日程，结合“十三五”规划和本地实际，研究制定实施规划，确定追溯体系建设的重要产品名录，明确建设目标、工作任务和政策措施。
