根据《通知》，此次检查内容包括市、县两级食品药品监督管理部门（市场监督管理部门执法基础制度和机制的落实情况、行政执法制度落实情况、强化行政执法监督情况等。其中，在执法基础制度和机制的落实情况方面，将重点检查行政执法人员持证上岗和资格管理情况，以及推行行政权力清单、责任清单工作情况；在行政执法制度落实情况方面，将重点检查遵守行政执法程序情况、行政执法裁量制度落实情况、推进执法信息及时准确公开情况、重大执法决定法制审核制度落实情况，以及强化行刑衔接、打击违法犯罪工作情况等；在强化行政执法监督情况方面，将重点检查落实行政执法责任制情况、行政复议和行政应诉情况等。
根据安排，此次检查分为自查自评阶段、抽查阶段、迎检阶段等三个阶段，将采取听取汇报、查看投诉举报记录、查阅行政执法案卷和文件、询问有关人员、现场检查、走访行政相对人、召开座谈会等多种形式。而在具体的检查过程中，还将按照设区市食品药品监督管理局（市场监督管理局自查和福建省食品药品监督管理局组织重点抽查相结合的原则，有针对性地开展执法监督检查。
另福建省食品药品监督管理局有关负责人表示，“开展此次行政执法专项监督检查工作的主要目的：一是检查全省食品药品监管系统规范行政许可、行政处罚、行政强制、行政收费、行政检查等执法行为并依法公开的情况，总结好的经验做法，查找工作中存在的典型性问题；二是分析问题存在的原因，提出加强执法规范化工作的对策建议，进一步树立全省食品药品监管系统规范公正文明执法的理念，提高执法质量和水平。”
