质检总局决定废止的部门规章包括《组织机构代码管理办法》（2008年11月11日质检总局令第110号和《国家质量监督检验检疫总局关于修订〈组织机构代码管理办法〉的决定》（2014年8月25日质检总局令第158号。
质检总局决定修改的部门规章包括：一是删除《出入境检验检疫报检企业管理办法》（质检总局令第161号第五条**款第三项中“组织机构代码证书复印件”。
二是删除《出入境特殊物品卫生检疫管理规定》（质检总局令第160号第十条**款**项中“组织机构代码证等证件复印件”。
三是删除《出入境非食用动物产品检验检疫监督管理办法》（质检总局令第159号第四十三条**款第三项中“组织机构代码证书（复印件”。
四是删除《进出口食品安全管理办法》（质检总局令第144号第十九条**款第二项中“组织机构代码证书”。
五是删除《出口食品生产企业备案管理规定》（质检总局令第142号第七条**款**项中“组织机构代码证”。
六是删除《进口可用作原料的固体废物检验检疫监督管理办法》（质检总局令第119号第二十条**款第三项、第六项中“组织机构代码证书及其复印件”。
七是删除《进出口饲料和饲料添加剂检验检疫监督管理办法》（质检总局令第118号第三十二条**款第三项中“组织机构代码证（复印件”。
八是删除《中华人民共和国非优惠原产地证书签证管理办法》（质检总局令第114号第七条**款第四项中“《组织机构代码证》有效复印件并同时交验原件”。
九是删除《产品防伪监督管理办法》（质检总局令第27号第十条**款第二项中“及组织机构代码证书”。
