台湾地区虽有学者研究转基因木瓜等作物，然而时至今日，卫生福利部食品药物管理署核准的转基因食品原料，很长一段时间只有进口转基因玉米与黄豆，直到*近，转基因棉花、转基因油菜才浮上台面；至于转基因马铃薯、转基因稻米、转基因小麦并未进口。
转基因食品挥之不去的过敏、致癌等健康疑虑、害死斑蝶、养出超级杂草之类的生态危害，各国采取登记许可的管理方式，我国共核发转基因食品原料许可证90张，其中60张发给转基因玉米，20张是转基因黄豆、7张转基因棉花、3张转基因油菜。
棉花应该用于纺织业，“食品业应该没有人会直接进口棉花”主妇联盟基金会董事长陈曼丽不了解，为何转基因食品原料名单会出现棉花；倒是转基因油菜能够理解可以榨油，跟近年的食用油风暴有关。
台食药署简任技正曾素香解释，棉花带有棉籽，是棉籽油的原料，油菜是芥花油的来源，今年2月新版“食品安全卫生管理法”转基因食品采用追溯或追踪管理，业者提出产品特性、过敏诱发性、营养成分、抗药性及抗生素标识基因等资料，申请耐嘉磷塞、抗虫及耐除草剂的榨油品种转基因棉花、转基因油菜的查验登记许可。
原本转基因原料超过5%的食品，必明确标示“转基因”或“含转基因”，7月1日起，转基因食品标示进入新阶段，标示门槛从严修正为3%，散装食品依品项及对象自7月1日起分三阶段施行，包装食品、食品添加物自12月31日上路。
消费者远远想不到，包装食品如果没有清楚标示，使用转基因原料的下游食品竟有这么多，包括酥脆的零嘴、乳酪蛋糕等糕饼、早餐谷片谷粉、冷藏或冷冻的饼皮或馅料、泡面调味包、肉松、豆腐、豆干、豆浆、豆花、素料等。
台食药署副署长林金富说，到了今年底，还会冒出更多，因为转基因标示新制上路**是菜市场、杂粮店里面一大堆的散装食品，都要开始标示了。
还有超市货架上的沙拉油、酱油及玉米糖浆等高层次加工品，即便沙拉油里面的脂肪酸、酱油里面的风味物质，玉米糖浆的高果糖，几乎或甚至验不到转基因作物的DNA，仍然要说明是否使用转基因原料。
台政府规定，当某种作物出现转基因品种时，非转基因的同种作物才能宣称“非转基因”，有业者画蛇添足，自创标示非转基因绿豆、非转基因黑豆、非转基因燕麦，误导消费者以为转基因绿豆、黑豆、燕麦已经问世。
