工作意见提出，２００８年９月底前，全面完成灾区县、乡临时医疗卫生机构建设，基本恢复正常疾病预防控制工作秩序，同时完成灾区疾病预防控制体系三年恢复重建规划和实施方案的制定。工作意见要求，通过三年对口支援，要基本实现辖区疾病预防控制体系规范建设，整体提高受援地疾病预防控制机构履行公共职能能力和管理水平。
工作意见明确，对口支援疾病预防控制工作的主要内容包括：
一是积*组织开展重大传染病疫情和突发公共卫生事件的预防、应急管理和处置工作，及时做好居民安置点、学校、托幼机构、建筑工地等人群聚集场所的传染病疫情处理，防止暴发疫情的发生。通过带教、业务培训和学术讲座等活动，提高疾病预防控制专业人员的应急处置能力。
二是做好医疗卫生机构恢复、新建传染病网络直报系统的管理工作，及时了解和掌握当地传染病疫情动态，开展灾区监测日报、周报、月报、阶段性分析等疫情分析与报告工作。
三是全面恢复冷链系统、常规免疫冷链运转和免疫接种工作，严格按照《预防接种工作规范》和扩大免疫规划的有关规定和要求，建设计划免疫规范接种门诊（点；组织医疗机构和接种单位共同做好社会宣传、人员培训、疫苗管理、接种实施、预防接种异常反应处理等工作。
