公报显示，海洋天然重要渔业水域主要受到无机氮、活性
海水重点养殖区主要受到无机氮、活性磷酸盐和石油类的污染。无机氮污染以东海区和南海区部分养殖水域相对较重；活性磷酸盐污染以东海区部分养殖水域相对较重。与2005年相比，无机氮、活性磷酸盐、石油类和化学需氧量的污染范围有不同程度减小。
海洋渔业水域沉积物中，主要受到铜、镉、砷和铅的污染。铜和镉污染以东海区和南海区部分区域相对较重；砷和铅污染以南海区部分区域相对较重。
公报显示，江河重要渔业水域主要受到总磷、非离子氨、高锰酸盐指数、石油类、挥发性酚及铜的污染。总磷污染以黄河、长江及黑龙江流域部分渔业水域相对较重；高锰酸盐指数污染以黄河和黑龙江流域部分渔业水域相对较重；石油类及挥发性酚污染以松花江渔业水域相对较重。与2005年相比，总磷的污染范围有所增加，非离子氨、高锰酸盐指数、石油类和铜的污染范围有所减小。
湖泊、水库重要渔业水域主要受到总氮、总磷和高锰酸盐指数的污染，总磷和总氮的污染依然比较严重。与2005年相比，总磷、高锰酸盐指数及石油类的污染范围有所增加。
据统计，2006年全国共发生渔业水域污染事故1463次，污染面积约9.4万公顷，造成直接经济损失约2.43亿元(未包括长岛海域油污染经济损失)。因环境污染造成可测算天然渔业资源经济损失36.43亿元，其中内陆水域天然渔业资源经济损失为8.55亿元，海洋天然渔业资源经济损失为27.88亿元。
2006年，各级渔业行政主管部门积*开展渔业生态环境保护与修复工作。据对全国30个省(市、区)的不完全统计，累计放流各种经济鱼、虾、贝类等共计163.9亿尾(粒)，增殖放流资金总投入约2.4亿元，分别比上年同期增加了85.5%和84.6%。
据了解，为客观评价中国渔业生态环境质量状况，2006年，全国渔业生态环境监测网对黄渤海区、东海区、南海区、黑龙江流域、黄河流域、长江流域和珠江流域及其它重点区域的96个重要渔业水域进行了监测，监测总面积2058万公顷。
