(1)它是衡量食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被检食品能否食用的科学依据之一。
(2)通过食品微生物检验，可以判断食品加工
(3)食品微生物检验是以贯彻“预防为主”的卫生方针，可以有效地防止或者减少食物中毒人畜共患病的发生，保障人民的身体健康；同时，它对提高产品质量，避免经济损失，保证出口等方面具有政治上和经济上的重要意义。
检测能力
| 检测种类 | 检测项目 |
| 食品微生物 | 阪崎肠杆菌、产气荚膜梭菌、出血性大肠埃希氏菌、大肠埃希氏菌、大肠菌群、单核细胞增生李斯特氏菌、粪大肠菌群、粪链球菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、寄生虫、酵母、酵母菌、金黄色葡萄球菌、菌落总数、空肠弯曲菌、蜡样芽胞杆菌、螨、霉菌、霉菌和酵母、溶血性链球菌、乳酸菌、沙门氏菌、商业无菌、嗜冷菌、需氧芽孢及嗜热需氧芽孢数、铜绿假单胞菌、志贺氏菌、致泻大肠埃希氏菌等 |