日前，国家和各省、市环保部门先后出台了跨界水体水质联合监测方案。虽然各地依据方案开展了跨界水体水质联合监测，提高了跨界水体水质监测质量，但是在开展跨界水体水质联合监测过程也存在着一定的问题。
国家和各省、市环保部门先后出台了跨界水体水质联合监测方案(以下简称“方案”)。依据方案，各地开展了跨界水体水质联合监测，提高了跨界水体水质监测质量，保证了水质监测数据的科学性和准确性。
然而，在开展跨界水体水质联合监测过程也存在着问题。目前，在确定监测断面、点位布设、监测方法、质量控制等工作中，技术方法和尺度难于统一和把握。比如，A江左岸是B市地域，而右岸则是C市地块，且两地岸线长达数十公里，沿岸都有多个污染源的废水排入A江，其跨界水体水质监测断面、监测点位确定和布设存在争议；两地监测数据进行实验室间比对分析，监测数据相对误差允许范围尚不明确等。
一是根据实际地情水情社情，确定跨界水体监测断面。由于江河所处地域不同，承雨面积大小不一，河道断面形态、底坡变化、走向不同。江河流量存在季节变化，水流受潮流、阐坝、冰凌等控制，江河水体水温、水文、水质以及水生生物群落结构等有所差别。江河跨界地域情况受社会、历史等因素影响，社情非常复杂。比如，两岸分属不同省、市，且两地岸线长达数十公里，岸线管辖不规则、不统一，又有众多污染源。因此，承担江河跨界水体水质监测职责的单位必须深入江河跨界地域，对当地地情、社情认真调査研究，并对江河跨界水体的水文、水质等历史数据进行分析，结合现行水质监测技术规范和技术经济条件，科学确定江河跨界水体监测断面。比如，应视江河水体大小、水流混合程度，选择适宜水面纵横布设两条监测断面，并多设监测点位，分层进行水质采样监测。或者通过水质模型，进行科学实验，选准跨界水体水质均匀混合断面(或水域)，联合进行水质采样监测。
二是认真执行采样监测方法，注重关键技术细节。根据气象水文条件，选择适宜采样监测日期，按照约定时间，承担跨界水体水质监测的技术人员，在已确定的跨界水体水质断面采集备测水样，沉降或过滤水样，加入水样保存剂，并现场检测水体的水文(流速)、水温、水质(pH、溶解氧、电导率)、气象(气温、风向、风速)数据。认真执行采样监测技术规范，完成现场采样监测工作。相关技术人员要积*进行交流，就方案确定技术方法，特别是对水样前处理技术和关键技术细节，进行深入讨论和现场操作示范，以便发现问题，提升技术水平。比如，备测水质指标氨氮(NH3—N)的水样要避开强光和氮源(氨水、含氮量高的生活污水等)、减小振荡和敞气，取样要依照规定要求进行，试样要按照规范处理。检测氨氮的试样显色时间一定要根据实验室温度确定，要在规定时间内迅速完成检测工作。又比如，监测水质指标五日生化需氧量(BOD5)，一定要按照方案规定的稀释与接种法(HJ505—2009)进行。不遇特殊干扰物质，五日生化需氧量(BOD5)测定中，要统一采用叠氮化钠改良法测定溶解氧(DO)。监测溶解氧要在规定时间内迅速完成。如果要对试样进行稀释与接种，稀释水质量一定要满足试验要求，保证试样中有消解有机物的微生物。
三是加强监测质量保障，提高水质监测数据质量。承担跨界水质监测的单位要做好质量保障工作，水质监测仪器、器械、器皿、试剂等必须满足监测技术工作要求。使用的监测仪器需在检定或校准有效期内，使用前还应对监测仪器进行自校，确保满足监测方法对仪器检测限和实验精度要求。监测技术人员必须按照规定要求持证上岗。采集的备测水样必须按照规定要求编号、备份、保存、运输、存储等。水质样品分析必须按照规定要求进行，并进行全过程质量保证和控制。依据方案规定要求进行数据交换，依据现行技术规范要求，采取分监测项目确定数据误差范围，对联合监测双方获取的数据进行实验室间质量评价。若双方数据在规定的误差范围内，按双方数据均值评价水质；若双方数据均未检出，按方法检出限均值评价水质；若双方数据存在争议，则由上级监测部门进行仲裁监测。确认后的水质监测数据，必须按规定要求交换上报，提供给环境保护行政部门，对跨界水体水质进行综合评价，确保监测成果发挥作用。