棉花目标价格水平按照近三年生产成本加合理收益确定。合理收益具体取值综合考虑棉花产业发展需要、财政承受能力和市场形势变化等因素确定。棉花目标价格由一年一定改为三年一定。如定价周期内棉花市场发生重大变化，报请国务院同意后可及时调整目标价格水平。对新疆享受目标价格补贴的棉花数量进行上限管理，超出上限的不予补贴。
2016年全国棉花种植面积为337.6万公顷，同比减少11.07%，较2013年减少22.3%，其中新疆棉花播种面积为180.5万公顷，较上年减少5.2%，较2013年增长5.1%，而同期长江流域产棉区，黄河流域棉区棉花播种面积均大幅下滑。新疆棉花播种面积占全国总播种面积的53.5%，较2013年提高14个百分点。
2016年全国棉花产量为534.3万吨，同比减少4.6%，降幅小于播种面积，主要因平均单产较上年提高7%，生长期天气状况良好及新疆高产棉比重增加都有利于提高平均单产。新疆棉花产量为359.4万吨，较上年增长2.6%，占全国棉花总产的67.3%，占比较2013年提高11.5个百分点。
中国棉花协会棉农合作分会2月份调查显示：2017年全国植棉意向面积为4247.5万亩，同比增长2.85%，比上期预测下降0.31个百分点；其中新疆棉农种植意向增加1.74%，较上期下降1.75个百分点，长江流域和黄河流域同比分别增加5.11%和5.52%，增幅较上期扩大1.58个百分点和4.11个百分点。
