9月,全国各个棉区棉花开始吐絮采摘。播种以来，全国大部地区棉花长势较好，预计单产持平略增，棉花质量将好于去年，但因植棉面积减幅较大，棉花产量继续下降，中国棉花协会预测，2016年全国棉花总产量约464.1万吨，同比下降3.7%。其中，新疆产量约为368.7万吨，同比增长2.1%。月内，新疆南部棉区出现短时强降雨及冰雹天气，内地棉花受上市延迟、采摘价格较高和产量下降等因素影响，棉农惜售情绪较重，采摘与交售进度慢于去年同期。截止9月30日全国棉花采摘进度为19.46%，同比减少13.1个百分点；交售进度为6.79%，同比减少9.9个百分点；平均交售价格为7.09元/公斤，同比上涨30.4%。
9月份，新疆棉区整体天气情况以晴好为主，采摘工作稳步进行，下旬，南疆棉区遭遇短时强降雨及冰雹天气，对采摘进度造成一定影响。整体看，虽然今年面积有所下降，但棉花产量与质量均好于去年。截至9月30日，全疆采摘进度为14.06%，同比减少11.9个百分点；交售进度为14.1%，同比减少11.9%，平均交售价格为7.17元/公斤，同比上涨34.0%。目前，大部机采棉仍未开始，地方的采摘进度快于兵团，随着机采棉的陆续开采，采摘进度将有所加快。
黄河流域棉区天气较好，适宜棉花的采摘及晾晒，但因棉农忙于秋收，采摘、交售进度缓慢；今年棉花颜色品质较好，但受干旱的影响，棉花衣分普遍偏低；新花上市价格高于去年，棉农对棉花期望价格较高，惜售情绪较重。截止9月30日，该流域平均交售价格为7.14元/公斤，同比上涨20.20%；采摘进度为45.31%，同比减少25.6个百分点；交售进度为3.77%，同比减少2.47个百分点。
长江流域棉区大部以晴好天气为主，气温适宜、光照较充足，对棉花裂铃吐絮、采摘较为有利。但受棉花前期气象条件影响，棉花生长不充分，桃少、桃小，棉籽不饱满，衣分偏低，同时，采摘、交售的进度均慢于去年同期。截止9月30日，长江流域采摘进度为37.79%，同比减少8.44个百分点；交售进度为6.98%，同比减少2.79个百分点。江西、湖南两省交售还没有开始，主要是收购棉花的少，棉农也在观望价格。该流域棉农交售棉花的平均价格为6.40元/公斤，同比上涨11.50%。
