日本由于消费者对基因食品安全性存有疑虑，并没有从事转基因作物种植，但却有进口转基因谷类，以制造食用油、饲料等食品。除公众对安全顾虑外，日本国内也规定凡转基因食品须附标签，因此商家都不愿意在市场推出转基因食品，测试消费者接受度。日本未禁止转基因作物的种植，但相关条例十分严格，给想要在这方面投资的企业带来阻力。日本的粮食供应一半以上依赖进口，随着粮价不断飚涨，政府也有所担心，并表示，转基因谷物或许是保障粮食供应和缓解环境问题的另一蹊径。
日本农业部的官员说，由于公众对转基因食品心存疑虑，在商言商，日商家也就不会进行商业种植。不过，他表示，鉴于国外转基因作物种植业的扩大，以及粮食需求殷切，日本目前也在探讨未来从事这方面的商业种植业。
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