食品样品的采集是微生物检验的重要组成部分，用于检验的样品数量和状况具有重要意义。这对取样人员和制样人员提出了很高的专业要求，既要保证样品的代表性和一致性，又要保证整个微生物检验过程在无菌操作的条件下进行。微生物检验样品的采集大致分为取样、包装密封、标识、样品的运输、接收、保存几个环节。
样品的取样
取样是指在一定质量或数量的产品中，取一个或多个代表性样品，用于感官、微生物和理化检验的全过程。
**，在取样之前应确认货、证是否相符。其次，取样工具要达到无菌的要求，对取样工具和一些试剂材料应提前准备、灭菌。如果使用不合适的采集工具，可能会破坏样品的完整性，甚至使样品采集毫无意义。应根据不同的样品特征和取样环境，对取样物品和试剂进行事先准备和灭菌等操作。另外，要保证样品能够代表整批产品，其检测结果应具有统计学有效性，样品到达实验室时的状况应能反映出取样时产品的真实情况。
取样时应根据不同的产品类型、产品状态等选择不同的取样方法和标准。
1.包装食品
对于直接食用的小包装食品，尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。对于桶装或大容器包装的液体食品，取样前应摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质；取样时应先将取样用具浸入液体内略加漂洗，然后再取所需量的样品，装入灭菌容器的量不应超过其容量的3/4，以便于检验前将样品摇匀；取完样品后，应用消毒的温度计插入液体内测量食品的温度，并作记录。尽可能不用水银温度计测量，以防温度计破碎后水银污染食品；如为非冷藏易腐食品，应迅速将所取样品冷却至0～4℃。对于大块的桶装或大容器包装的冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具取样，使样品具有充分的代表性；
在将样品送达实验室前，要始终保持样品处于冷冻状态样品一旦融化，不可使其再冻，保持冷却即可。
2.生产过程中的取样
划分检验批次，应注意同批产品质量的均一性；如用固定在贮液桶或流水作业线上的取样龙头取样时，应事先将龙头消毒；当用自动取样器取不需要冷却的粉状或固体食品时，必须履行相应的管理办法，保证产品的代表性不被人为地破坏。
3.液体产品
通常情况下，液态产品较容易获得代表性样品。液态产品一般盛放在大罐中，取样时，可连续或间歇搅拌，对于较小的容器，可在取样前将液体上下颠倒，使其完全混匀。较大的样品（100~500ml）要放在已灭菌的容器中送往实验室，实验室在取样检测之前应将液体再彻底混匀一次。
4.固体样品
固态样品常用的取样工具有灭菌的解剖刀、勺子、软木钻、锯子和钳子等。面粉或奶粉等易于混匀的食品，其成品质量均匀、稳定，可以抽取小样品检测（如100g）。但散装样品就必须从多个点取样，且每个样品都要单独处理，在检测前彻底混匀，并从中取一份样品进行检测。肉类、鱼类的食品既要在表皮取样又要在深层取样。
深层取样时要小心不要被表面污染。有些食品，如鲜肉或熟肉可用灭菌的解剖刀或钳子取样；冷冻食品可在未解冻的状态下可用锯子、木钻或电钻（一般斜角钻入）等获取深层取样样品；全蛋粉等粉末状样品取样时，可用灭菌的取样器斜角插入箱底，样品填满取样器后提出箱外，再用灭菌小勺从上、中、下部位取样。
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