单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),即染色体基因组中单个核苷酸的突变而惹起的 DNA 序列的多态性,它以单个碱基的颠换、转换、插入和缺失等方式存在。作为第三代分子标志,SNP标志具有很大的开展潜力,被普遍应用于生物、农学、医学、生物进化等众多范畴,在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。
服务项目方法
(1)Taqman探针法(定性)
该办法的技术根底是荧光定量PCR,针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和PCR扩增。该办法不只能够检测某个样本的基因型,还能够经过软件剖析出不同基因型在一切样本中的散布图。
这种办法能够直接在实验结果中读出每个样本中SNP的基因型(纯合子XX或YY,杂合子XY),不需求再对序列停止剖析,具有直观性。Taqman探针法通常用于少量SNP位点剖析,具有本钱低、速度快的优点
(2)SNaPshot法测SNP
SNaPshot的原理就是只延长了一个碱基的荧光法BigDye测序,该办法在设计引物时,把不同位置的引物设计成不同的长度,然后停止SNaPshot反响后,*后产物经过电泳别离、五色荧光检测、Gene mapper剖析,可在一次电泳胶内检测多个SNP位点。
(3)MassARRAy法(定量、多位点、高通量)
Sequenom公司的MassArray质谱系统在SNP分型市场上占有重要位置,是目前市场上高性价比的中高通量SNP分型检测系统,经过激光激起DNA分子片段,再用飞行时间来判别片段分子量的大小。该办法曾经普遍地应用于遗传突变检测。
MassARRAy法实验设计灵敏,分型结果精确性高,性价比高。可对数百至数千份样本检测,样本通量从几百到几万。是高性价比的中高通量SNP分型办法,适用于GWAS实验后续考证以及关联剖析。
(4)Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系统停止批量SNP位点检测,能够同时检测1-384个SNP位点,常常用于基因组芯片结果确认,合适高通量检测。微珠芯片具有高密度、高反复性、高灵活度、低上样量、定制灵敏等特性,*高的集成密度,从而取得*高的检测挑选速度,在高通量挑选时可显著降低本钱。