1、总大肠菌群:在饮用水的微生物安全监测中，普遍采用正常的肠道细菌作为粪便污染指标，而不是直接测定肠道致病菌。
2、耐热大肠菌群:作为一种卫生指标菌，耐热大肠菌群中很可能含有粪源微生物，因此耐热大肠菌群的存在表明可能受到了粪便污染，可能存在大肠杆菌。但是，耐热大肠菌群的存在并不代表对人有什么直接的危害。
3、大肠埃希式杆菌:即大肠杆菌，正常栖居条件下不致病。但若进入胆囊、膀胱等处可引起炎症。若在水和食品中检出此菌，可认为是被粪便污染的指标，从而可能有肠道病原菌的存在。因此，大肠菌群数(或大肠菌值)常作为饮水和食物(或药物)的卫生学标准。(国家规定，每升饮用水中大肠杆菌数不应超过3个)
4、菌落总数:是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后(如培养基成分培养温度和时间、ph值、需氧性等)所取1ml(g)检样中所含菌落的总数。
主要作为判定食品被污染程度的标志，也可以应用这一方法观察细菌对食品被污染程序的标志，也可以应用这--方法观察细菌在食品繁殖的动态，以便对被检样品进行卫生学评价时提供依据。
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