进口食品及农产品质量安全方面，深圳检验检疫局在进口水果、水生动物、糕点饼干、酒类、茶叶、粮食制品中均有重要检出。如在进口水果开展风险监控，从泰国龙眼中检测出二氧化硫含量超标，在菲律宾香蕉中检出多菌灵含量超标等；在印尼班琴虾蛄、英国棕蟹、澳大利亚蛙形蟹中检出重金属镉超标、在泰国活斑节对虾中检出传染性皮下和造血器官坏死病病毒等；在进口澳大利亚产蜂蜜、韩国海苔等检出多批次菌落总数超标，从美国产糖浆、泰国产的糕点饼干、意大利产巧克力制品、菲律宾产的膨化等食品中多次检出食品添加剂超范围使用着色剂、抗氧化剂、甜味剂的情况。此外，进口食品检出中文标签不合格比例很高，内容缺失、不准确甚至相关项目不实的中文标签，严重侵犯消费者对商品品质及过敏源等多种知情权，应引起进口商重视。
据介绍，2016年深圳检验检疫局持续完善监管模式，严格全过程监管，加强对进口缺陷消费品的追溯调查和责任追究，切实保障消费者合法权益，全力推行进口食品“一个全程溯源平台”，创新“境外预检”、“口岸快放”、“智能跟踪”、“多方共治”的“1+4全球溯源核放”监管新模式，严格执行国家监督抽检计划与重点食品专项检测计划，加强进口食品准入管理。同时，该局大力促进通关便利为外贸创造良好环境，创新形成了以“智慧口岸”、“智慧监管”、“智能验放”为核心的“互联网+”检验检疫新模式，有效减负惠企、提速增效。据统计，2016年，深圳口岸进出境货物从报检到出具检验检疫通关放行凭证平均时长仅0.49天，放行效率居全国之首。
