通过与半滑舌鳎全基因组比较，研究发现褐牙鲆和半滑舌鳎两者的基因组存在高达85%的相似性。比较其基因组学后，筛选到153个比目鱼类特异的基因家族以及12个比目鱼扩张的基因家族与细胞分裂和凋亡、眼睛大小调控、视网膜神经递质、软骨重构等比目鱼变态过程中的生物学现象密切相关。 值得一提的是，hipk基因家族的扩张可能参与了比目鱼变态过程中眼睛的移动。此外，研究还鉴定出106个比目鱼的正选择基因，这些基因与体轴发育、神经模式、骨骼肌重建、甲状腺激素、视黄酸信号通路等密切相关。
研究揭示的甲状腺激素和视黄酸信号通路在比目鱼变态中的协同调控作用与昆虫变态发育过程中的蜕皮激素和保幼激素的协同作用具有异曲同工之妙。研究人员认为，核受体转录因子和萜类化合物在无脊椎动物到脊椎动物的变态发育过程中具有一定的功能保守性。该研究为生产中防止比目鱼白化现象提供了一定的指导意义。
