《办法》主要适用于全市各级 食品药品监督管理机关对公民、法人和其他组织是否依法从事食品、药品、医疗器械、保健食品和化妆品研制、生产、经营、使用等活动进行监督检查的行为。对相对人的行政审批现场核查、跟踪检查、专项检查、投诉举报检查、监督抽验、审批后续监管等有因检查，上级部门未制定相应管理办法或规定的，也适用本办法。《办法》进一步明确了开展监督检查的原则、职责分工、检查方式、方法、程序、检查结果处理等内容，要求原则上对同一相对人的日常检查，每年不得少于一次，不得超过四次，不得存在多层检查、重复检查、随意检查行为。
《办法》中还规定了各级监管机关应当建立监督检查档案和信用档案，上级机关加强对下级机关日常监督检查工作的指导和监督以及责任追究的情形。
