卫生部表示，食品中致病菌限量标准是食品安全基础标准的重要组成部分。工作组充分梳理分析我国现行有效的食品卫生标准、食品质量标准、行业标准、农产品质量标准进行清理完善，优先解决目前我国食品卫生标准、食品质量标准、行业标准、农产品质量标准间重复、交叉、矛盾或缺失等问题，并参考分析了欧盟、澳新、日本、美国、香港、台湾等地区食品中的致病菌限量标准及其规定制定了这一标准。
在标准制定过程中，充分考虑了致病菌或其代谢产物对健康造成实际或潜在危害的证据，原料中致病菌状况，加工过程对致病菌状况的影响，贮藏、销售和食用过程中致病菌状况的变化，食品的消费人群，致病菌指标应用的成本/效益分析等因素。
本次标准制定中梳理分析的标准共计562项，其中
标准提出了沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌等几种主要致病菌在肉制品、水产制品、粮谷类制品、即食加工果蔬、饮料及冷冻饮品类多类食品中的限量要求。
其中，公众比较熟悉的沙门氏菌在各类食品中的限量值均为0,也就是说，样品中不得检出这类病菌，金黄色葡萄球菌在各类食品中的限量则均为100 CFU/g.
去年，包括三全、思念、湾仔码头等在内的国内知名速冻食品品牌产品，纷纷被检出金黄色葡萄球菌超标。随后，卫生部公布了速冻食品新国标，在速冻食品中，金黄色葡萄球菌也将由不得检出变为限量检出。
