据媒体报道，中国环境监测总站公布的*新一期《中国地表水水质月报》显示，农夫山泉水源地之一千岛湖的水质在今年1月份已被列入Ⅳ类。而据环保部门分类，Ⅳ类地表水主要适用于一般工业用水及人体非直接接触娱乐用水。因此，千岛湖水按道理只能作为工业用水，即使作为娱乐用水也不能和人体接触。而浙江省环保厅不久前公布的２００８年度全省地表水水质评价图显示，千岛湖为Ⅱ类水。浙江省环保厅在答复记者询问时表示，千岛湖水质总体良好，是全国水质*好的水库之一。一个水源为何两种结论？这样的局面着实让人觉得诧异。
导致千岛湖水质被列入Ⅳ类的主要是总氮指标，当事人农夫山泉对此显然有不同的意见。农夫山泉股份有限公司董事会秘书周力接受媒体采访时表示，总氮指标是一种单因子的评价水质方法，总氮浓度水平对人体健康基本没有影响，不影响水体环境功能，不能以此以偏概全。
根据我国《地表水和污水监测技术规范》，单因子水质评价方法是我国实施多年且普遍获得认可的一种方法。有关专家表示，这其实就是一票否决制，也就是在所有的水质指标中，以其中*差的指标来表征全体的水质情况，换言之无论其它的指标多好, 只要其中任何一项指标被评为IV类，整体水质就是IV类。
总氮含量是国家列入地表水水质评价的一项重要指标，因为其对评价水的富营养化有重要作用。据公开发表的资料显示，尿素化肥、人工投放的饵料以及鱼类的排泄物、工业含氮废弃物、燃料燃烧排放的含氮废气等在自然条件下，经降水淋溶分解后可形成硝酸盐，流入河湖并渗入地下，从而造成地表水和地下水的硝酸盐污染，这些都会造成总氮指数的升高。而硝酸盐在厌氧条件下会被厌氧微生物还原为亚硝酸盐，长期使用可导致食道癌和胃癌。
农夫山泉董事长钟睒睒钟睒睒对水质不同的结论也有自己的解释：“千岛湖水从上游流过来，不同地段差别很大，监测点断面、高度、位置不一样，得出水质监测结果也不同。农夫山泉在千岛湖水库的取水口位于湖底深处，属于不交换水体，即使表层有污染也不影响取水”。这一点颇为让人看不懂，一位网名叫“喝饱了撑着”的网友留言说，同一个湖里，上游水污染了下游就没事？同一个湖里的水上层和下层能不交换？农夫山泉把我们当猴耍呢。
记者就此采访了国内有关专家，据了解，在水深较大的湖、库中，水温和水质是竖向分层的，并在随一年四季温度变化而变化，特别是在秋末冬初，由于气温的急剧下降，使得湖库表层的水温也急剧下降，导致表层水和底层水的密度不同，从而出现了水质的上下循环，这种水质循环俗称为“翻池”，这会使湖库中水质均匀分布，“翻池”现象在春初夏末也会发生。
事实上，千岛湖已经不是**次被曝出水质变差了。随着千岛湖流域流动人口不断增加，污染物排放量增高，入湖污染负荷也相应增加，千岛湖部分区域早几年就开始出现富营养化。2004年，千岛湖大面积水域爆发了蓝藻。2005年，浙江省“两会”期间，杭州师范学院生命科学学院教授周根娣提案要求大力加强千岛湖水资源保护与综合开发。而在国家监测报告看，除了由中国环境监测总站所公布的《2009年1月中国地表水水质月报》外，我国环境保护部也于2009年6月4日正式公布的《2008年中国环境状况报告》，在这份报告的第17页中显示，2008年全年千岛湖水库和丹江口水库的水质指标评价均为IV类，且均较2007年的的III类更为恶化。
