尽管乳粉产品合格率一路见长，但特殊配方的婴幼儿乳粉产品质量不尽如人意。近年来婴幼儿配方乳粉和特种配方奶粉的产量和品种上有了很大的飞跃。在生产配方奶粉的初步阶段，产品质量相当低劣，1992年的首次抽样合格率仅为13.8%。
近年来，婴幼儿配方乳粉产品质量得到稳步提高。经过多次的抽查，特别是加大了对存在较多质量问题的小型生产企业抽查的力度。加上由于婴幼儿配方乳粉生产许可证制度的实施，促使生产企业提高了质量意识，并对生产环境、设备、工艺装备等条件进行了技术改造和完善，健全了质量管理体系，对产品质量的提高起到了决定性的作用。
安徽阜阳奶粉事件之后，经过国家的严厉打击，关停了一批制假企业，制裁了一批制假售假分子，起到了震慑作用，一些乳粉企业也提高了质量意识，加大了技术改造的力度，健全了质量管理体系，加强了内部管理，从而促进了婴幼儿配方乳粉产品整体质量水平的提高。
国家质检总局2006年公布的国家监督抽查结果显示，婴幼儿配方乳粉产品的抽样合格率为70.4%，涉及健康安全的铅、砷、硝酸盐、亚硝酸盐、酵母菌和霉菌、细菌总数、致病菌等卫生指标的检验项目全部合格。婴幼儿配方乳粉抽查结果表明，当前市场占有率较高的大中型企业的产品质量较稳定，小型企业的产品质量存在问题仍然较多。
