虽然我国近几年一直在紧抓农药残留监测工作，农药残留监测体系也一直在逐渐完善，但不可否认的是，我国目前的农药残留监测体系仍然有很多不足之处，与发达国家还有很大差距，安全事故时有发生，具体有以下几点问题。
法律法规有待完善
我国《农药管理条例》颁布于20世纪90年代，一些制度已与当前形势和要求不相适应。具体表现在：限量标准制定与农药登记脱节，农药监管链条长，协同监管和信息共享不到位，残留资料要求低且报告与国际不接轨，市场监测和农产品及食品进出口检出而无残留限量判定依据时缺乏明确的处理措施等。
标准规范有待健全
我国虽然已制定3650个限量标准。但与CAC、美国和欧盟等相比，标准数量的差距很大。农药残留标准的缺失已成为影响各级政府依法履行农产品和食品安全监管职责的重要技术障碍。在农药风险评估技术方面，我国还处于起步阶段。技术力量薄弱和分散。相互间缺乏有效链接。与风险评估相关的机制体制不健全。另外，我国农药残留膳食摄入风险评估。特别是膳食消费数据等方面与国际接轨还有一定距离，对我国农药残留标准国际化步伐造成不小的阻碍。
社会参与度有待进一步加强
我国当前标准制定主要由政府主导，标准制定计划制定、经费投入和相关研究等二作都由政府及相关研究机构承担。农药残留标准涉及农药生产、农业生产、农产品和食品生产、检验检疫和进出口等行业，直接关系到我国农药及食品行业的国际贸易，但我国相关企业、行业协会参与标准制定的积*性和主动性不够。