为贯彻落实《食品安全法》，规范网络食品交易行为，保证网络食品安全，2016年7月13日，国家食品药品监督管理总局毕井泉局长签署第27号令《网络食品安全违法行为查处办法》（以下简称《办法》）。该办法于2016年10月1日起施行，具体内容包括：
一是强化平台和入网食品生产经营者义务。《办法》明确了网络食品交易第三方平台提供者和通过自建网站交易的食品生产经营者备案、保障网络食品交易数据和资料可靠性、安全性以及记录保存交易信息等义务。规定了网络食品交易第三方平台提供者建立登记审查等制度、建立入网食品生产经营者档案、检查经营行为、发现入网食品生产经营者严重违法行为时停止提供平台服务等义务。
二是细化严重违法行为的具体情形。《办法》明确网络食品交易第三方平台提供者发现入网食品生产经营者因涉嫌食品安全犯罪被立案侦查或者提起公诉的，因食品安全犯罪被人民法院判处刑罚的，因食品安全违法行为被公安机关拘留或者给予其他治安管理处罚的，被食品药品监督管理部门依法作出吊销许可证、责令停产停业等处罚的应当停止向其提供网络交易平台服务。
三是明确违法行为的管辖。《办法》规定对网络食品交易第三方平台提供者食品安全违法行为的查处，由平台提供者所在地地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖；对入网食品生产经营者的查处，由入网食品生产经营者所在地或者生产经营场所所在地县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。因网络食品交易引发食品安全事故或者其他严重危害后果的，也可以由网络食品安全违法行为发生地或者违法行为结果地的县级以上地方食品药品监督管理部门管辖。消费者因网络食品安全违法问题进行投诉举报的，由网络食品交易第三方平台提供者所在地、入网食品生产经营者所在地或者生产经营场所所在地等县级以上地方食品药品监督管理部门处理。
四是强化调查处理职责。《办法》规定食品药品监督管理部门，对网络食品安全违法行为进行调查处理时，可以进入当事人网络食品交易场所实施现场检查；查阅、复制当事人的交易数据、账簿以及其他相关资料；调取网络交易的技术监测、记录资料。
五是细化抽样程序。《办法》规定食品药品监督管理部门通过网络购买样品进行检验的，应当按照相关规定填写抽样单，记录抽检样品的名称、类别以及数量，购买样品的人员以及付款账户、注册账号、收货地址、联系方式，并留存相关票据。检验结果不符合食品安全标准的，食品药品监督管理部门应当及时将检验结果通知被抽样的入网食品生产经营者。通过网络食品交易第三方平台购买样品的，应当同时将检验结果通知网络食品交易第三方平台提供者。
六是明确了责任约谈的情形。《办法》规定网络食品交易第三方平台提供者和入网食品生产经营者有下列情形之一的，食品药品监督管理部门可以对其法定代表人或者主要负责人进行责任约谈：发生食品安全问题，可能引发食品安全风险蔓延的；未及时妥善处理投诉举报的食品安全问题，可能存在食品安全隐患的；未及时采取有效措施排查、消除食品安全隐患，落实食品安全责任等情形。
七是强化了法律责任。《办法》规定网络食品交易第三方平台提供者未履行相关义务，导致发生严重危害后果的，由食品药品监督管理部门依照食品安全法责令平台停业，并将相关情况移交通信主管部门处理。《办法》还细化了“严重后果”情形：致人死亡或者造成严重人身伤害的；发生较大级别以上食品安全事故的；发生较为严重的食源性疾病的；侵犯消费者合法权益，造成严重不良社会影响等。《办法》还明确网络食品交易第三方平台提供者未按要求建立入网食品生产经营者审查登记、食品安全自查等制度的或者未公开以上制度的，由县级以上地方食品药品监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处5000元以上3万元以下罚款。