据国家棉花市场监测系统数据显示， 2008年以来，我国植棉面积均在3500万亩以上，*低为2016年的4384万亩。2017年全国棉花意向种植面积4604万亩，其中新疆植棉面积3053万亩。保护区的建立，一方面有利于提高棉花种植水平，发展棉花规模化种植经营模式，享受国家在农业基础设施建设、财政、金融等多方面的政策支持；另一方面目前，我国内地植棉土地碎片化、新疆水资源紧张的情况，将会有一部分植棉面积达不到棉花生产保护区条件。若植棉收益得不到提高，那么达不到保护区要求的棉田可能从2018年开始种植其他经济作物。
按照国家棉花市场监测系统数据，2016年新疆棉花单产152 0173 3840.3公斤/亩（为相对较好的水平）、内地单产70公斤/亩测算，棉花生产保护区植棉面积3500万亩（新疆3000万亩、内地500万亩），保护区的棉花产量为428.9万吨。据《中国棉花市场月报（3月预测篇）》中数据显示，2017/18年度我国棉花消费量为739.2万吨，进口91.3万吨，产需缺口为219万吨。
从现在来看，棉花供应增加一是保护区棉花单产有大幅度的提升，农产品产量提升并不是一蹴而就，需要行业专家的研究和探索，特别是新疆地区种植新品种需要考虑自然环境的承受力，任重道远；二是可以依靠储备棉，但储备棉去库存节奏的加快，轮入储备棉已经需要相关部门统筹考虑，包括轮入时机、轮入进口棉还是新疆棉等，都将考验相关部门的智慧；三是用棉企业全关税进口，从长远来看，棉花会不会走上大豆的道路？这应该是国内企业不愿意看到的局面。另外，需求方面纺织企业调整配棉比，改用化纤，从产品结构的历史数据来看，2014-2016年，我国棉纱产量占纱线总产量的比例基本上维持在69%上，即使棉花价格几经波动，但棉纱占比并没有出现特别大的变化，短时间内纺织企业大量改棉花用化纤可能性并不大。
国务院建立棉花生产保护区是强化农业综合生产能力，发展规模经营，使农业向高产、高效、绿色的方向发展，具体到棉花、棉纺产业上，既带来了机遇，也带来了挑战。
