由于棉花苗期是以生长为主，即长根、茎、叶为主的时期，棉花长势比较弱，抗逆能力差，且棉花苗期常伴有低温、干旱、病虫害等自然灾害，如管理不慎，容易导致棉田缺苗断茎。对此，西北农林科技大学农学院副教授夏志明建议，棉花苗期应分类采取相应措施，即要预防低温冻害，又要防止高温烧苗，加强管理，及早查苗、补苗，千方百计保全苗、育壮苗促早发，为夺取全年棉花生产奠定丰产基础。
棉花苗期病害主要以立枯病、炭疽病为主，在苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉花苗病多发的重要原因。夏志明说，应在搞好种子消毒及土壤处理的基础上，重点抓好幼苗阶段的栽培管理和药剂防治措施。
夏志明建议：**，棉花出苗后，吸收无机养分的能力较弱，叶面积小，光合作用产生的有机养分不充足，再加上恶劣气候环境的影响，根系生长更困难，也就加重了病害的发生。因此，棉花苗期进行中耕、提高地温是解决苗期病害的必要手段，并要做到早、深、勤。
其次，出苗后喷洒1-2次腐殖酸叶面肥，提高棉苗抗低温和抗病能力。发病初期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂或恶霉灵可湿性粉剂3000倍液喷雾加灌根，根据情况每隔5-7天防治1次，连续防治2-3次，配合叶面肥效果更好。
