对于兵团资质的棉花加工企业能否收购地方棉区籽棉，目前各方的疑问和分歧较大，虽然地方税务部门已经为63家“兵 团目标价格改革加工企业”提供了收购票据，但自治区或兵团还没有明确的文件出台。一些地方政府表示，虽然加工企业是兵团资质，但收购地方籽棉数量、价格能 从收购发票上反映，并不影响地方统计产量和掌握价格，也不影响农民凭票据申领“直补”款，因此可视为“合法”企业。另外，因兵团资质下的地方企业，基本都 距离兵团较远，建在地方上，如果不允许其收购地方籽棉，其又收购不到兵团籽棉资源，只有“死路一条”。但地方棉企则认为，如果兵团棉企可以收购地方籽棉资 源，是否地方棉企也可以抢收兵团籽棉？而且这些棉企到底是专门服务于兵团还是专注服务于市场无法界定，如果皮棉销售产生利润，税收归地方还是兵团？因此地 方棉农、棉企都对兵团资质的棉企收购地方籽棉是否合理疑问颇多。
根据《兵团棉花目标价格改革试点工作实施方案》， 2014年兵团完全按产量进行目标价格直补。据了解，农一师、农二师、农三师等仍沿续“二次结算”操作方式，但**次结算时的籽棉价格有些差异，集中在 4.5-5.0元/公斤，其中农一师二团各团场**次结算执行的是4.5元/公斤。由于兵团棉花单产较高（一般籽棉在500公斤以上），因此农民“直补”款额度将高于地方，加上兵团加大了对籽棉资源外流的监管，因此地方加工企业收购兵团籽棉的可能性几乎不存在。农一师二团14连的一些职工表示，即使按目前152 0173 3840元/吨的现货价格计算，与19800元/吨的目标价格相差5800元/吨，衣分按照40%，折合每公斤籽棉直补约2.32元/公斤，以500公斤的单产计算，直补款将达到1160元/亩，明显高于地方。
