20世纪90年代前后，食用天然色素还处在萌芽阶段。但在今天，食品加工、餐饮企业主动寻找适合自己应用的天然色素产品，这种颠覆性的变化本是一件好事，但寻求的过程仍需不断改进，要在国内的天然色素生产企业寻找适合自己产品应用的天然色素产品，仍不是一件容易的事情。国内的天然色素无论是水溶还是油溶产品，使用限制性大，特别是油溶性产品这类问题更加突出，也因此导致了天然色素应用范围狭窄。
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目前，大部分天然色素提取企业还停留在粗制阶段，产品杂质多、纯度低、pH值、氧化、光照、温度、水及金属离子敏感性强，稳定性较差，着色弱、保色性弱，易造成褪色现象；另外，高校没有对口的专业，缺乏应用开发技术人才，使得天然色素发展遇到诸多瓶颈。
近年来，在我国天然色素行业，某些天然色素产品由于重复建设、产能过剩，并且因技术创新不够，没有自己的核心技术，业内产品同质化，造成低价竞争，导致大量浪费国内天然色素资源，从而导致企业投资回报率低，甚至无法收回成本。天然色素的提取、提纯早已不是很神秘的工艺技术，但是，要生产出高品质的天然色素产品，企业必须要有合适的设备和技术过硬的工程技术人员，企业家要有前瞻视野，重视产品质量，加大研发资金投入。
