棉花营养钵育苗，是夺取高产的重要措施。近几年，植棉区总是免不了因管理不当而造成烧芽烂种死苗现象，其死苗率在17.5%-28%左右，尤其是在4月中下旬至移栽前，苗床管理稍有闪失，即导致高温烧苗，有的前功尽弃，因此播种以后，抓好苗床管理，是提高成苗率的关键。
出苗前，要高温、高湿催全苗，水分是主要矛盾薄膜育苗的苗床温度高，耗水大，而棉籽要吸足80%的水分，才能发芽出苗，苗床内水分过少，种子不能萌发，水分不足，萌发的种子也会倒芽。
出苗前苗床管理的关键是在三湿播种的基础上，要严密盖膜保持高温、高湿，一星期内切忌揭膜。在温度高、水分适宜的条件下，盖膜一星期就能获得全苗。但膜内温度如果超过35℃，可揭开两头或一部分以通风降温，防止烧芽，但时间不能过长，揭开1-2小时即封上。
出苗后，要中温、低湿促壮苗，温度是主要矛盾棉花出苗后，根系下扎快，吸收能力增强，对水分的要求，不再像顶土出苗时那样迫切了，若这时水分过多，不仅不利扎根，而且还会因低温高湿环境，有利病菌滋生，因而出现病、死苗和高脚苗的现象，所以，这时应以散湿、中温为主。
在水分管理上，要做到苗床土面不发白浇水,即温度变成了主要矛盾。刚出土的棉苗，时值4月上旬至中旬初，气温还较低，应以防低温冻伤为主，床温应控制在20℃-25℃，温度低则盖膜关床。4月中旬开始气温变化大，天气时冷时热，风雨忽大忽小，温差变幅较大，既要防低温冻伤，又要防高温烧伤，床温超过30℃时，应视情况多次缓慢揭膜开床。
移栽前，要日夜揭膜炼好苗，光、肥是主要矛盾棉苗在二叶至移栽期，要掌握“降温促发”的原则，前期进行通风调温，床温控制在20℃左右，晴天早上7-8点钟通风，中午逐渐增大通风口或半揭塑膜，后期要适当揭膜炼苗，移栽前一周左右，昼夜不盖膜，培育健壮苗，炼到红茎过半、白根盘钵，叶色浓绿，苗粗墩实。
在移栽前薄膜不能拿走，以防低温寒潮实然袭击，仍要盖膜防冻。移栽前6-7天，每亩苗床应追施尿素4-5公斤，作“送嫁肥”，使棉苗移栽后快发新根，促进壮苗早发。另外，在整个苗床管理期间，还要做到及时间苗除草，看苗追施平衡肥，及时打药防治病虫害，从而保证棉苗全、匀、齐、壮。如温度高，苗子有旺长现象，还要用缩节胺0.5-1克对水50公斤，喷施抑制生长，防止高脚苗发生。
