近年来在番茄生产中，由于栽培管理不当，果实、茎叶上的生理病害越来越多，这些病害对番茄的产量、品质和经济效益都有很大影响。
一、脐腐病(黑肚脐)
果实发育初期到着色之间在果顶以柱头底部为中心，初期发生呈水浸状暗绿色，以后变成褐色乃至黑褐色病斑，但不腐烂，并向内凹陷，受害果实转色快，但没有商品价值。
1.原因：果实膨大期间，特别是开花后对果实供给钙素不足所致。土壤过干地温过高，氮肥过多及酸性土壤均使根系对钙的吸收受阻，都能引起此病的发生。
2.防治：多施有机肥，氮、磷、钾肥要合理搭配，不可偏施氮肥。适当增施钙肥，避免土壤过干或过湿，酸性土壤可用石灰调节(亩用50～100公斤)。此外，在幼苗期可用0.5％氯化钙溶液喷叶及果实，每隔10天喷1次，连喷2～3次。
二、脐裂果(露粉病)
果实发育初期，在果实部位果皮无规则形干裂，胚座组织及种子外露，随着果实的膨大，脐裂部位也增大。
1.原因：主要是花芽分化期间湿度过低(8℃以下)，花柱开裂所致。
2.防治：要选择耐低温的品种，花芽分化期间防止温度过低，要求日温20℃以上，夜温10℃以上。
三、空洞果(空腔果)
果皮部与果实内部的发育不平衡，而果实胚座发育不良与果壁间产生空洞，空洞果外形有棱角，果实内果脐少，几乎没有种子。
1.原因：高温使不成熟花粉增多，无法正常受精，导致只有果壁发育而胚座发育不良形成无籽番茄。不管植株长势和坐果情况，用生长激素处理未成熟的花或开花坐果期间土壤过于干旱等，可造成果实肥大而水分供应受阻，就会增加空洞果的发生。
2.防治：生长激素施用浓度要适当，方法要正确，开花期间要防止温度过高或过低，以免授粉受精不正常。及时疏果，加强水肥管理，避免干旱缺水。
四、筋腐病(黑皮病)
筋腐病是在果实着色期出现的生理病害。果实表面呈明显的红绿着色不匀；果皮内侧表面变褐或黑褐，果实内胚座和果脐基本正常。
1.原因：果实膨大期间日照不足，高温多湿，氮多钾少，夜温过高，密度过大均易引起筋腐病的发生。
2.防治：改善采光条件，增加光照；合理密植，使果实直接受光；果实膨大期间少施氮肥多施钾肥；如果枝叶过于茂盛，可在果穗周围掐掉部分叶片，让果实有一定的空间，既通风透光，又减少湿度。同时选种抗筋腐病品种。
五、尖顶果(桃形果)
果脐部突出，形状如桃形。
1.原因：施用生长素(或防落素)或2，4－D的浓度过高造成的。
2.防治：使用防落素或2，4－D喷花时必须根据不同品种使用不同的浓度，同时在此期间不能缺水。
六、开窗茎
在生育期间，植株第3～4节花序附近，茎节内缩短，呈条沟褐色，顶芽生长停滞，随后茎也紧缩开裂，严重时会裂孔成开窗状。
1.原因：由于高温或低温，硼素不能充分地分配到生长点中，氮肥过多、钾钙养分过剩等也妨碍了硼的吸收，使植株体内运转不协调而造成硼素分配不到顶芽或花序，使这些部位生长点的生长素增多，剌激细胞旺盛分裂所致。
2.防治：避免施氮过多，注意防除对阻碍吸收硼素的发生。若发生“开窗茎”，利用侧枝代替主枝栽培，同时用0.2％硼砂水溶液叶面喷洒。若土壤缺硼时，每亩施硼肥0.25公斤左右，与细土掺拌条施或穴施，施硼过量会产生肥害，施用石灰即可解除。
