肠道微生物也就是我们所说的“肠道菌群”，其数量超过人体自身细胞的10倍以上，对营养物质代谢、人体自身发育、免疫及疾病的产生等方面都起到*其重要的作用。很多研究结果都表明肠道微生物和多种疾病发病直接相关，比如癌症、肥胖、神经变性疾病等。
可采用二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE等方法，对样本中微生物的DNA进行测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系;还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系;还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。
目前肠道微生物的主要研究方向：
(1)寻找疾病组和健康组间肠道菌群的差异：
分别采集健康人群和疾病人群的粪便样本，比较健康组和疾病组之间肠道菌群的差异，寻找与疾病相关的marker，这是目前*典型的研究方法;
(2)研究药物或饮食干预群体的肠道菌群：
分别采集药物或饮食干预前、后的群体的粪便样本，比较个体在不同干预阶段的肠道菌群的差异;
(3)同一群体、不同生长发育时期的肠道菌群：
如分别采集婴儿出生后0个月、4个月、12个月等时间的粪便样本，对婴幼儿的肠道菌群进行研究;
(4)研究某一疾病发生发展进程中的群体的肠道菌群：
如分别选择健康人、结直肠腺瘤患者(大部分的结直肠癌由腺瘤演变而来)、结直肠癌患者群体，研究与结直肠癌疾病进程相关的marker;
(5)研究同一群体多个身体部位的微生物：
如分别选取同一人群的粪便、唾液、牙菌斑等样本进行关联分析。
