1．色谱柱的清洗
即使样品和流动相已做过前处理，也仍难以完成避免柱子受到污染，因此必须对柱子行清洗。清洗应定期进行，如果在短期内分析许多样品，则以每日清洗一次为宜，至少也应一周一次，防止有太多的杂质在柱上堆积。
反相柱的常规洗涤办法是：分别取甲醇、三氯甲烷、甲醇-水各20倍柱体积（既对于一根4.6mmX25cm的柱来说，通常是50-60ml，而对于9.4mm内经X50cm的柱来说，通常是500-600ml） ，使之通过柱子。然后用流动相平衡（通常仍用20倍柱体积），柱一般将恢复正常。如果选择性仍和以前不一样，则表明还有其他杂质留在柱子里，这时应考虑更加严格的清洗：先用20倍柱体积的水，再用相同体积0.05mol/L硫酸，*后用流动相溶剂。酸洗常能洗下有机溶剂所不能洗下的剩余杂质。在低pH值下做长期（**或更长）清洗是不适宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般对健合相没有损害。注意，强碱不能用来清洗任何微粒硅胶柱（不论是健合相还是非健合相），因为硅胶骨架会溶解。对于严重污染的反相柱，只能采用再生的方法。
2．柱头空隙的处理
拆下不锈钢烧结过滤器后，检查柱床，常可见柱头塌陷，此时先剔掉无规则床层和带色填料，使柱床呈白色并完全水平，再使甲醇作糊状填料匀浆液，将填料匀浆液滴在柱上靠重力从匀浆液中排出甲醇液，重复数次，直到水平，完成了柱的再生。此时，如果柱头孔隙深度小于1cm，可以采用下述局部重装的办法，否则，柱应当完全重装或更换。
柱入口局部重装时采用的填料可以和原填料一样，也可以用玻璃珠。粒径大于20um的可用敲打充填法干装。如果粒径小于20um则要用合适的溶剂配成匀浆，匀浆逐次加入，每次加入前都要使上一次加入的全部沉降。把孔隙填满后，用刮刀将填料刮平，更换柱入口接头，把柱重新接到液相仪器上，慢慢地增加流动相流速和系统压力，直到操作上限为止。让相当于10-20 倍柱体积的流动相通过柱子，然后逐渐降低流速，并使压力降为零，再把柱子卸下来，并卸下入口接头，观察柱的入口。此时孔隙应当减小，但是由于新加入的填料在系统的操作压力下压入柱头，孔隙不可能一次就被全部充满。
