由于抗菌药物进入体内后并不是一定血药浓度高于其他体液或组织浓度，如头孢哌酮在用药1～3 h后胆汁中的浓度是血液浓度的100倍；环丙沙星在尿液的浓度可达200 mg是血液的50倍；左氧氟沙星在肾组织的浓度是血液的2～5倍。因此如果在上述高药物浓度部位感染时，按CLSI制定的标准判断敏感性就不能获得体外药敏和体内疗效一致的结果。
(一）体外药敏试验不能反应病原菌和药物在体内的动态变化
不同的患者感染的病原菌不同、病原菌的数量不同、药物与血浆蛋白结合率不同、药物代谢产物是否具有与原药类似的抗菌活性等，这些因素都会改变药物在体内的抗菌活性。
（二）未找到真正的感染菌
有菌部位标本如痰、咽试子、前列腺液、粪便、尿液、阴试子等，在培养出细菌时都面临判断该细菌是致病菌或携带菌的问题，而这些标本的采集很难不污染携带菌；无菌部位的标本如血液和脑脊液，如培养出表皮葡萄球菌或类白喉棒状杆菌也有识别的必要。
现代感染的特点是，低免疫人群大大增多，条件致病菌、非致病菌引起的感染增多，这些特点给致病菌的判断带来了困难。可想而知，按不是感染菌的药敏结果去治疗感染菌，是不可能获得一致结果的。
