肽质量指纹图谱(PMF)，也称为蛋白质指纹，是一种开发于1933年的蛋白质高通量分析方法，用于鉴定蛋白质。内切蛋白酶**将未知的靶蛋白裂解为较小的肽段，这些肽的**质量可以使用质谱仪进行准确测量，并且还可以获得未知蛋白质的肽峰列表。使用生物信息学方法将峰列表与蛋白质数据库中的理论肽峰列表进行比较。理论数据库将所有有机体的所有已知基因组翻译成蛋白质，理论上将蛋白质水解成小肽，并将每种蛋白质计算出肽的**质量。同时，还将裂解的未知蛋白质的肽质量与基因组中编码的每种蛋白质的理论肽质量进行比较，对结果进行统计分析可以找到*佳匹配。
肽质量指纹图谱分析过程
生物组织或细胞中的蛋白质纯化后，用2D或SDS-PAGE凝胶分离并使用成像技术进行比较。选择差异显著的蛋白进行进一步分析。对选定的蛋白质进行脱胶和酶解，得到一系列能反映蛋白质特性的肽段。通过质谱精确测量肽混合物的指纹图谱，从而获得蛋白质的分子量。在已知数据库中搜索所选蛋白质提供了准确定性。
肽质谱指纹图谱的应用
随着分析化学技术的发展，PMF因其灵敏度高、稳定性好、样品损失小而被广泛应用于药品真实性鉴定、食品质量控制、人类疾病诊断等各个领域。世界卫生组织和中国国家食品药品监督管理局将PMF作为一种物质鉴别和过程控制技术，为质量评价提供客观指标。
肽质谱指纹图谱的优点
1.不需要依靠蛋白质测序来进行蛋白质鉴定，而是依靠肽的质量。
2.过程简单快速，是一种使用一级质谱法进行蛋白质鉴定的经典方法
肽质谱指纹图谱的限制
1.目的蛋白质序列必须存在于目标数据库中;
2.适用于单一蛋白质分析。混合蛋白质的存在会大大增加分析的复杂性;
3.质量相似的肽会大大增加匹配的难度。
MALDI-TOF肽质量指纹图谱
快速准确地鉴定蛋白质在蛋白质组学研究中至关重要。PMF可以通过基质辅助激光解吸电离离子源(MALDI)和飞行时间(TOF)质量分析仪进行测量。它是蛋白质组学研究中*常用的方法之一。
MALDI使用激光照射由样品和基板形成的共晶薄膜。基质从激光吸收能量并将其转移到生物分子上。在电离过程中，质子被转移到生物分子或从生物分子中获得，生物分子发生电离。因此，MALDI是一种软电离技术，适用于混合物和生物大分子的测定。TOF的原理是，在电场的作用下，离子加速通过飞行管飞行，并且根据飞行到检测器的时间来检测离子。MALDI-TOF-MS具有高灵敏度、高精度和高分辨率的特点。它在生命科学和许多其他领域中的样本分析起重要作用。
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