根据卫生部的卫办监督函及公告，32种包括菌双歧杆菌属、乳杆菌属、链球菌属等可以用于食品，作为食品菌。另外传统上用于食品生产加工的菌种允许继续使用，名单以外的、新菌种按照《新资源食品管理办法》执行。可用于婴幼儿食品的菌种5种，见表2。
表1 可用于食品中菌种名单
| 菌种名称 | 拉丁学名 | 出处 | |
| 一 | 双歧杆菌属 | Bifidobacterium | |
| 1 | 青春双歧杆菌 | Bifidobacterium adolescentis | 卫办监督发[2010]65号 |
| 2 | 动物双歧杆菌（乳双歧杆菌） | Bifidobacterium animalis | 卫办监督发[2010]65号 |
| （Bifidobacterium lactis） | 卫办监督发[2010]65号 | ||
| 3 | 两歧双歧杆菌 | Bifidobacterium bifidum | 卫办监督发[2010]65号 |
| 4 | 短双歧杆菌 | Bifidobacterium breve | 卫办监督发[2010]65号 |
| 5 | 婴儿双歧杆菌 | Bifidobacterium infantis | 卫办监督发[2010]65号 |
| 6 | 长双歧杆菌 | Bifidobacterium longum | 卫办监督发[2010]65号 |
| 二 | 乳杆菌属 | Lactobacillus | |
| 1 | 嗜酸乳杆菌 | Lactobacillus acidophilus | 卫办监督发[2010]65号 |
| 2 | 干酪乳杆菌 | Lactobacillus casei | 卫办监督发[2010]65号 |
| 3 | 卷曲乳杆菌 | Lactobacillus crispatus | 卫办监督发[2010]65号 |
| 4 | 德氏乳杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌） | Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus（Lactobacillus bulgaricus） | 卫办监督发[2010]65号 |
| 5 | 德氏乳杆菌乳亚种 | Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis | 卫办监督发[2010]65号 |
| 6 | 发酵乳杆菌 | Lactobacillus fermentium | 卫办监督发[2010]65号 |
| 7 | 格氏乳杆菌 | Lactobacillus gasseri | 卫办监督发[2010]65号 |
| 8 | 瑞士乳杆菌 | Lactobacillus helveticus | 卫办监督发[2010]65号 |
| 9 | 约氏乳杆菌 | Lactobacillus johnsonii | 卫办监督发[2010]65号 |
| 10 | 副干酪乳杆菌 | Lactobacillus paracasei | 卫办监督发[2010]65号 |
| 11 | 植物乳杆菌 | Lactobacillus plantarum | 卫办监督发[2010]65号 |
| 12 | 罗伊氏乳杆菌 | Lactobacillus reuteri | 卫办监督发[2010]65号 |
| 13 | 鼠李糖乳杆菌 | Lactobacillus rhamnosus | 卫办监督发[2010]65号 |
| 14 | 唾液乳杆菌 | Lactobacillus salivarius | 卫办监督发[2010]65号 |
| 三 | 链球菌属 | Streptococcus | |
| 1 | 嗜热链球菌 | Streptococcus thermophilus | 卫办监督发[2010]65号 |
| 四 | 2010年65号文件发布以后以新资源食品发布的菌种 | ||
| 1 | 费氏丙酸杆菌谢氏亚种 | 卫生部2010年第17号公告 | |
| 2 | 乳酸乳球菌乳酸亚种 | 卫生部2011年第1号公告 | |
| 3 | 乳酸乳球菌乳脂亚种 | 卫生部2011年第1号公告 | |
| 4 | 乳酸乳球菌双乙酰亚种 | 卫生部2011年第1号公告 | |
| 5 | 肠膜明串珠菌肠膜亚种 | Leuconostoc.mesenteroides subsp.mesenteroides | 卫生部2012年第8号公告 |
| 6 | 马克斯克鲁维酵母 | Kluyveromyces marxianus | 卫计委2013年第10号公告 |
| 7 | 乳酸片球菌 | Pediococcus acidilactici | 卫计委2014年第6号公告 |
| 8 | 戊糖片球菌 | Pediococcus pentosaceus | 卫计委2014年第6号公告 |
| 9 | 清酒乳杆菌 | Lactobacillus sakei | 卫计委2014年第20号公告 |
| 10 | 产丙酸丙酸杆菌 | Propionibacterium acidipropionici | 卫计委2014年第20号公告 |
表2 可用于婴幼儿食品的菌种名单
| 菌种名称 | 拉丁学名 | 菌株号 | 备注 | 出处 |
| 嗜酸乳杆菌* | Lactobacillus acidophilus | NCFM | *仅限用于1岁以上幼儿的食品 | 卫生部2011年第25号公告 |
| 动物双歧杆菌 | Bifidobacterium animalis | Bb-12 | 卫生部2011年第25号公告 | |
| 乳双歧杆菌 | Bifidobacterium lactis | HN019 | 卫生部2011年第25号公告 | |
| Bi-07 | 卫生部2011年第25号公告 | |||
| 鼠李糖乳杆菌 | Lactobacillus rhamnosus | LGG | 卫生部2011年第25号公告 | |
| HN001 | 卫生部2011年第25号公告 | |||
| 罗伊氏乳杆菌 | Lactobacillus reuteri | DSM17938 | 卫计委2014年第10号公告 |