2002年，农垦在绿色食品行动计划中**提出要建立农产品质量安全追溯制度。经过五年多的试点探索，逐步形成了一条与农垦农业生产管理体系相适应的农产品质量 追溯体系工作模式和发展路径，2008年正式在全国农垦企业开展农产品质量追溯系统建设。截至目前，追溯企业数量达到342家，遍布28个垦区，种植业产品可追溯规模达到668万亩、畜禽产品7457万只（头、水产品60万亩，范围涵盖谷物、蔬菜、水果、茶叶、畜禽肉、禽蛋、水产、牛奶等主要农产品及葡萄酒等农产加工品。2014年可追溯农产品产量总计达到230.56万吨。与此同时，农垦还示范带动81家地方农业企业、农民专业合作社建立追溯系统，充分彰显了农垦对现代农业的示范带动作用。
农垦始终把保障农产品质量安全作为追溯制度建设的核心任务。按照生产有记录、安全有监管、质量有检测、产品有标识的追溯理念，整合国有农场、主管部门、农产品质检机构各方面资源，把农业生产、质量管理、产品检测、产品认证等质量安全关键要素有机融合起来，研究制定了一系列农产品质量追溯行业标准，开发建设了从企业生产档案采集、管理部门网上监管、专业机构抽查监管、消费者查询知情的一体化追溯系统，形成以互联网为支撑的农产品质量安全保障体系。
农垦系统这种真抓实干、敢于担当、勇于负责的做法得到社会各方面认可，取得经济效益、社会效益双丰收。
从质量安全看，在以职工家庭承包为基础、大农场统筹小农场的经营体制下，通过追溯制度，提高了生产一线职工质量安全意识，强化了责任落实，可追溯农产品质量安全水平明显提升。
从市场上看，农垦可追溯农产品产地清晰，责任落实到位，生产档案完整，质量安全可靠，深得各层次消费群体信赖，出现了产销两旺的可喜局面。北京金星鸭业生产的可追溯北京鸭作为全聚德**原料供应商，先后在奥运会、APEC会议期间被确定为指定供应商。上海光明食品集团爱森牌冷鲜肉、辽宁五四农场越光牌大米分别在世博会、全运会等大型活动中入选特许经销商。江苏省苏垦米业集团2008年启动大米追溯体系建设，经过多年努力，追溯面积由初期5万亩增加到60多万亩，实现全垦区大米产业质量追溯体系全覆盖。
随着农产品电子商务的发展，农垦可追溯农产品在电商领域同样表现优异。新疆和田昆仑山枣业股份有限公司生产的和田玉枣实行一袋一码，优质产品加上可追溯管理使得产品迅速被市场认可，网上销售额超过亿元，成为同类产品**。黑龙江垦区亲民酸菜、辽宁五四农场大米、广西农垦永新畜牧集团南宁永牧食品有限公司辣味香肠、新疆香巴拉食品有限公司牛肉条、宁夏农垦南梁农场枸杞等追溯产品网上知名度不断提升，网上订单数量不断迈上新台阶。
优质安全可追溯农产品是农垦中国特色新型现代农业建设成果的集中体现。《中共中央国务院关于进一步推进农垦改革发展的意见》明确要求农垦作为农业现代化示范区要建立从田间到餐桌的农产品质量安全追溯体系。
