据调查，由于2－4月份南疆阿克苏、喀什、库尔勒等棉区降水比较少，气温又上升比较快，部分水库蓄水量不足，或将影响目前一些棉田的二次浇灌；一些乡镇则统一协调水库开闸放水，部分跑墒比较重、出苗率不高的棉田或因无法及时浇水而影响棉种发芽。巴楚及阿克苏的柯坪、沙雅、阿瓦提等地的农民纷纷反映，今年灌溉用水迟、少现象较往年严重，一些4月初播种的种子因包衣比较厚和棉田积温不高（4月上旬南疆持续几天低温风沙天气）的影响至今未破土，农民和种子公司察看后，种子没有发芽但并没有腐烂，若5月上旬及时补水保墒，仍有很大的出苗机率，因此及时放水灌溉是重中之重。
从种植对比来看，2013年阿克苏地区、巴楚县植棉面积较2012年基本持平，只是有一部分枣园、梨、苹果园因果树长高，植棉将影响果树挂果并且棉花种和收都不方便而放弃，比例并不高。至5月3日，4月下旬播种的棉田出苗率已达到90%左右（砂土质），而一些碱性大、粘土质的棉田出苗率仅在60%左右。
近日内地一些涉棉企业开始到疆内商谈承包、租赁轧花厂的事宜，但与去年和前年相比，有租加工厂计划的内地企业有所减少，问题集中在如下三个方面：一个是由于2012年疆内轧花厂普遍有800－1000元/吨的收益，因此今年承包费较去年有所上涨，位置比较好、棉花资源丰富地段的承包费在 1000元/吨以上（具有农发行贷款资质），而且大多轧花厂提出3500吨"保底"加工量的要求（一条加工线）；另一个是由于2013年收储实行新的棉花检验标准，给加工企业在收购、分垛、加工、组批及交储运输环节中增加的皮棉成本目前还没有估算，有企业认为增长500元/吨，有企业认为增加300元 /吨，承包轧花的企业担心*终交储没有利润；还有一个是南疆一些地区社会的不稳定因素以及在当地不容易招聘到工人也令涉棉企业担忧。一些负责籽棉和棉籽装卸、只承包车间加工的“小包工队”*头痛的是8－12月份缺少加工人员（两班倒），而加工和装卸“外包”的棉花加工企业大多要求承包方****保证人员及时到岗。
