实施细则沿用了国家五部门《工作办法》的体例，以增强操作性、便于工作衔接，特别是便于案件交接为目的，对衔接难点问题尽量细化，共包括6章45条，分别明确了适用范围和部门职责；案件移送与法律监督，包括办理流程、时限、办理方法和检法部门的法律职能；涉案物品检验与认定；协作配合；信息共享等。
实施细则主要有三方面的特点，一是较好地吸纳了各有关部门和单位好的工作思路、工作方法和工作要求，尤其是加强了对公安系统衔接工作意见的采纳吸收，加强了操作性和可执行性。二是尽可能地细化了案件双向移送的有关程序和工作要点，增加了可操作性，细化运行机制。比如，详细规定移送方和接收方在移送过程中应遵循的办法、应出具的文书和应遵守的时限；详细列出了移送案件时随附的各项文书、清单样式。三是进一步明确了涉案产品的检测经费问题，由承办案件的公安机关向同级食品药品监管部门申请检验检测，相关检验检测费用由食品药品监管部门承担，同级食药监管部门不能解决的可向上级部门申请解决，加大了同级公安机关和食药监管部门的工作衔接力度。
