本案能查清的事实是，该企业二级库房中发现过期食品，该食品是从合法渠道购进的，购进时食品在保质期内，已经使用了一部分，但没有确凿证据证明该企业将过期食品直接或者经过进一步加工后提供给消费者，不能将该企业的行为定性为“经营超过保质期的食品”。二级库房中有过期食品，说明该企业从业人员食品安全意识不强，食品安全管理制度没有落实，没有定期对库存食品进行检查，及时清理超过保质期的食品。
关于过期食品，《中华人民共和国 食品安全法》第五十四条**款规定，“食品经营者应当按照保证食品安全的要求贮存食品，定期检查库存食品，及时清理变质或者超过保质期的食品”。检查中，在其厨房操作间旁的二级库房内发现2个批次的过期食品，因无证据证实其使用过期食品，应按未定期检查库存食品，及时清理超过保质期食品的行为定性，根据《食品安全法》**百二十六条**款第（十三项的规定，给予警告。
关于无标签食品，《食品安全法》第三十四条第（十一项规定，“禁止生产经营无标签的预包装食品、食品添加剂”。该局检查中，在其二级库房内发现1个批次的无标签食品，同时有证据证实该企业在经营中使用了上述食品。应按经营无标签的预包装食品的行为定性，根据《食品安全法》**百二十五条**款第项的规定，处以5000元以上50000元以下的罚款。
综上所述，该企业的上述行为，为同一个违法行为，触犯了不同法条，构成想象竞合，应择一重罪论处，即按经营无标签食品定性，处以罚款。过期食品与无标签食品在《食品安全法》中为并列的关系。当事人的行为触犯了不同的法益，为不同的违法行为，构成实质的数罪，应分别处罚，合并执行。*终，对该企业处以警告、罚款的行政处罚。
