国家食药监总局表示，2016年第二季度全国共完成并公布191672批次食品（含保健食品和食品添加剂样品监督抽检结果，检验项目合格的样品186982批次，不合格样品4690批次，样品总体合格率为97.6%。其中，粮、油、肉、蛋、乳等大宗日常消费品的样品合格率均高于平均水平（97.6%。
各类食品监督抽检结果如下：
| 序号 | 食品种类 | 样品抽检 数量/批次 | 合格样品 数量/批次 | 不合格样品 数量/批次 | 样品 合格率 |
| 1 | 粮食及粮食制品 | 20105 | 19743 | 362 | 98.2% |
| 2 | 食用油、油脂及其制品 | 7510 | 7327 | 183 | 97.6% |
| 3 | 肉及肉制品 | 20613 | 20260 | 353 | 98.3% |
| 4 | 蛋及蛋制品 | 2870 | 2835 | 35 | 98.8% |
| 5 | 蔬菜及其制品 | 27869 | 27263 | 606 | 97.8% |
| 6 | 水果及其制品 | 10191 | 10042 | 149 | 98.5% |
| 7 | 水产及水产制品 | 7835 | 7617 | 218 | 97.2% |
| 8 | 饮料 | 7296 | 7188 | 108 | 98.5% |
| 9 | 调味品 | 9442 | 9227 | 215 | 97.7% |
| 10 | 食糖 | 1018 | 1001 | 17 | 98.3% |
| 11 | 酒类 | 7760 | 7454 | 306 | 96.1% |
| 12 | 焙烤食品 | 11770 | 11326 | 444 | 96.2% |
| 13 | 茶叶及其相关制品、咖啡 | 3340 | 3283 | 57 | 98.3% |
| 14 | 薯类及膨化食品 | 1676 | 1648 | 28 | 98.3% |
| 15 | 糖果及可可制品 | 3208 | 3180 | 28 | 99.1% |
| 16 | 炒货食品及坚果制品 | 3345 | 3237 | 108 | 96.8% |
| 17 | 豆类及其制品 | 4939 | 4868 | 71 | 98.6% |
| 18 | 蜂产品 | 1637 | 1589 | 48 | 97.1% |
| 19 | 冷冻饮品 | 704 | 696 | 8 | 98.9% |
| 20 | 罐头 | 1345 | 1331 | 14 | 99.0% |
| 21 | 乳制品 | 5683 | 5667 | 16 | 99.7% |
| 22 | 特殊膳食食品 | 1620 | 1603 | 17 | 99.0% |
| 23 | 食品添加剂 | 1485 | 1477 | 8 | 99.5% |
| 24 | 餐饮食品 | 24791 | 23541 | 1250 | 95.0% |
| 25 | 保健食品 | 1197 | 1168 | 29 | 97.6% |
| 26 | 其他 | 2423 | 2411 | 12 | 99.5% |
| 合计 | 191672 | 186982 | 4690 | 97.6% |
国家食药监总局表示，抽检发现的主要问题有：一是食品中超范围、超限量使用食品添加剂问题占不合格总数的33.6%，比一季度低0.2个百分点；二是食品中微生物污染问题占不合格总数的25.5%，比一季度高2.6个百分点；三是食品品质指标不合格问题占不合格总数的13.9%，比一季度低7.2个百分点；四是食品中农兽药残留指标不合格问题占不合格总数的11.3%，比一季度高4.0个百分点；五是食品中金属等元素污染问题占不合格总数的4.6%，比一季度低0.4个百分点；六是食品中检出非食用物质问题占不合格总数的2.8%，比一季度高0.6个百分点；七是食品真菌毒素污染问题占不合格总数的1.4%，比一季度低0.1个百分点。
