2006年,卫生部门进一步加强食品、职业卫生等公共卫生监督工作力度,深入贯彻《食品卫生法》,开展食品卫生专项整治,加强国家卫生监督抽检。查处浙江劣质食用油案和北京福寿螺引发食源性疾病案等案件,吊销卫生许可证1444个,取缔无证生产经营3万余户。国家卫生监督抽检共抽样检查产品7000余件,公布并查处了1486个不合格产品。同时,卫生部完善食品监测网络,开展危险性评估,发布食品安全预警信息,颁布实施《重大活动食品卫生监督规范》。
卫生部门贯彻《职业病防治法》,加强职业卫生监督,开展职业卫生、放射卫生重点监督检查工作。据不完全统计,2006年全国共查处违法单位近1.7万家,罚款1500多万元,停业38家。卫生部还颁布了《放射诊疗管理规定》和《建设项目职业病危害分类管理办法》。
2006年,卫生部加强了公共场所、饮用水卫生监督。制定重点公共场所卫生规范,颁布《公共场所集中空调通风系统卫生管理办法》,开展公共场所卫生监督管理量化分级试点工作。开展饮用水和公共场所卫生监督检查,制定饮用水水质和水性疾病监测方案,贯彻《传染病防治法》,制定《传染病防治监督工作规范》,做好传染病防治监督工作。