显微鉴别是利用显微技术对中药进行特征分析，以确定其品种和质量的一种鉴定方法。显微鉴定主要包括组织鉴定和粉末鉴定。组织鉴定是通过观察药材的切片或磨片鉴别其组织构造特征，适合于完整的药材或粉末特征相似的同属药材的鉴别；
粉末鉴定是通过观察药材的粉末制片或解离片鉴别其细胞分子及内含物的特征，适合于破碎、粉末状药材或中成药的鉴别。进行显微鉴定时，由于鉴定材料的不同（完整、破碎、粉末）和药用种类及药用部位的不同，选择显微鉴定的方法也不同。
1.显微制片方法
（1）横切或纵切片
（2）解离组织片：如需观察细胞的完整形态，尤其是纤维、导管、管胞、石细胞等细胞彼此不易分离的组织，需利用化学试剂使组织中各细胞之间的细胞间质溶解，使细胞分离。如样品中薄壁组织占大部分，木化组织少或分散存在的，可用氢氧化钾法；如样品坚硬，木化组织较多或集成群束的，可用硝铬酸法或氯酸钾法。
（3）表面制片：鉴定叶、花、果实、种子、全草等类药材，可取叶片、萼片、花冠、果皮、种皮制成表面片，加适宜试液，观察各部位的表皮特征。
（4）粉末制片：粉末状药材可选用甘油醋酸试液、水合氯醛试液或其他适当试液处理后观察。为了使细胞、组织能观察清楚，需用水合氯醛液装片透化。其透化的目的是溶解淀粉粒、蛋白质、叶绿体、树脂、挥发油等，并使已收缩的细胞膨胀。
透化方法为，取粉末少许，置载玻片上，滴加水合氯醛液适量，在小火焰上微微加热透化，加热时必须续加水合氯醛液至透化清晰为度。为避免放冷后析出水合氯醛结晶，可在透化后滴加稀甘油少许，再加盖玻片。
（5）花粉粒与孢子制片
（6）磨片制片：坚硬的矿物药、动物药，可采用磨片法制片。
（7）含饮片粉末的中成药显微制片
2.细胞内含物鉴定和细胞壁性质检査
（1）细胞内含物鉴定
①淀粉粒：加碘试液，显蓝色或紫色；用醋酸甘油试液装片，置偏光显微镜观察，未糊化淀粉粒有偏光现象；已糊化的无偏光现象。
②糊粉粒：加碘试液，显棕色或黄棕色；加硝酸汞试液显砖红色。
③脂肪油、挥发油或树脂：加苏丹Ⅲ试液呈橘红色、红色或紫红色；加90%乙醇，脂肪油不溶解，挥发油则溶解。
④菊糖：加10%α-萘酚乙醇溶液，再加硫酸，呈紫红色并很快溶解。
⑤黏液：加钌红试液，显红色。
⑥草酸钙结晶：加稀醋酸不溶解，加稀盐酸溶解而无气泡产生；加硫酸溶液（1→2），逐渐溶解，片刻后析出针状硫酸钙结晶。
⑦碳酸钙结晶（钟乳体）：加稀盐酸溶解，同时有气泡产生。
⑧硅质：加硫酸不溶解。
（2）细胞壁性质检查
①木质化细胞壁：加间苯三酚试液1～2滴，稍放置，加盐酸1滴，因木化程度不同，显红色或紫红色。
②木栓化或角质化细胞壁：加苏丹Ⅲ试液，稍放置或微热，呈橘红色至红色。
③纤维素细胞壁：加氯化锌碘试液，或先加碘试液润湿后，稍放置，再加硫酸溶液（33→50）显蓝色或紫色。
④硅质化细胞壁：加硫酸无变化。
3.显微测量
观察细胞和后含物时，常需要测量其直径、长短（以微米计算），作为鉴定依据之一。测量可用目镜测微尺进行。
4.偏光镜的应用
偏光显微镜主要用于观察和分析矿物类中药的光学性质，用于鉴定矿物类中药。
对于透明矿物，一般使用透射光源的偏光显微镜，对于不透明矿物则使用反射光源的偏光显微镜。
亦可用于研究动物、植物类中药的组织及细胞内含物，如淀粉粒、草酸钙簇晶等。
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