新组建的南京市食品药品监督管理局整合原药监、卫生、质监、工商等部门食品监管职能，对南京全市食品和药品的安全性与有效性实施统一监管。职能整合后，南京市级层面食品监管工作将结束多部门监管格局，除初级农产品外（农业部门监管，食品安全监管由分段监管走向生产、流通、餐桌全过程监管。
新组建的南京市食品药品监督管理局共调整职责20项，其中取消职责4项，下放职责3项，承接省局下放职责4项，加强职责4项，重点整合5项职能。
如果南京再次出现如去年的"毒芝麻糊事件"怎么办？新组建的南京市食品药品监管局加挂市食品药品安全委员会办公室牌子（市食安办，负责市食品药品安全委员会日常工作，着力推动全市食品药品安全综合协调工作机制建设，做到既分工明确，又形成监管合力。
"三定方案"明确指出，南京市卫生局会同南京市食品药品监督管理局组织制定、实施食品安全风险监测方案及相关信息资料收集等有关工作。南京市食品药品监督管理局会同南京市卫生局建立 食物中毒事件、重大药品和医疗器械不良反应事件相互通报机制和联合处置机制；市农业部门负责食用农产品从种植养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理，负责兽药、饲料、饲料添加剂和职责范围内的农药、肥料等其他农业投入品质量及使用的监督管理。负责畜禽屠宰环节和生鲜乳收购环节质量安全监督管理；南京市质量技术监督部门负责食品包装材料、容器、食品生产经营工具等食品相关产品生产加工的监督管理；南京市工商行政管理部门负责药品、医疗器械、保健食品广告活动的监督检查；南京市公安局负责组织指导食品药品犯罪案件侦查工作。
联合处置涉及部门和职责
●南京市卫生局（会同南京市食品药品监督管理局组织制定、实施食品安全风险监测方案及相关信息资料收集等有关工作
●南京市食药监局（负责市食品药品安全委员会日常工作
●市农业部门（负责食用农产品从种植养殖环节到进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理
●市质量技术监督部门（负责食品包装材料、容器、食品生产经营工具等食品相关产品生产加工的监督管理
●市工商行政管理部门（负责药品、医疗器械、保健食品广告活动的监督检查
●市公安局（负责组织指导食品药品犯罪案件侦查工作（通讯员罗渐金陵晚报记者李花
