食品生产经营者应建安全追溯体系
《条例》明确禁止食品生产经营者在生产经营过程中采购、使用、贮存、运输有关部门明令禁止的非食用物质，也不得使用回收的食品和食品添加剂加工食品或者食品添加剂。并且，禁止在食品添加剂中添加食品安全国家标准规定以外的化学物质和其他可能危害人体健康的物质。
另外，食品生产经营者应当建立食品安全追溯体系，记录和保存进货查验等方面的信息，记录信息应当真实、准确、完整，保证食品来源可查、去向可追、责任可究。保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品、肉制品、乳制品、食用植物油、白酒等生产经营企业应当采用信息化手段推进追溯体系建设。《条例》鼓励食品行业协会等社会第三方投资建设追溯信息平台。
非保健食品不得明示暗示功效
针对此前广泛争执的转基因食品，《条例》要求，使用转基因生物原料直接生产的食品，应当按照有关规定进行显着标示。
如今，很多食品广告打出“无添加”的广告，证明其健康程度，但是其“无添加”的物质往往是专业名词，让人看后莫名其妙。对此，《条例》做出限制性规定：按照食品安全标准不应当含有或者使用的物质，不得在食品标签、说明书、广告上宣称“不添加”“不含有”等字样。对于国家尚未批准的转基因食品和原料，也不得标注“非转基因”字样等。
此外，保健食品只能标注注册证书批准的保健功能。保健食品之外的其他食品，不得以任何形式、在任何载体上明示或者暗示功效。
食品安全实施三级召回
《条例》要求，食品生产经营者应当按照国家食品召回制度的有关规定，对不安全食品开展停止生产经营、召回和处置工作。
根据食品安全风险的严重和紧急程度，食品召回实施分级管理：一级召回：食用后已经或者可能导致严重健康损害甚至死亡的，食品生产经营者应当在知悉食品安全风险后24小时内启动召回；二级召回：食用后已经或者可能导致一般健康损害，食品生产经营者应当在知悉食品安全风险后48小时内启动召回；三级召回：标签或者说明书不符合食品安全标准，且一般不会造成健康损害的，食品生产经营者应当在知悉食品安全风险后72小时内启动召回。标签、标识存在瑕疵，食用后不会造成健康损害的食品，食品生产者应当改正，可以自愿召回。
针对日益增多的网络食品交易平台，《条例》要求其建立食品交易主体审查登记、食品安全自查、食品安全违法行为制止及报告、严重违法行为平台服务停止、食品安全投诉举报处理等制度。有下列情形之一的，网络食品交易平台应当立即停止向入网食品生产经营者提供服务：入网食品生产经营者因涉嫌食品安全犯罪被立案侦查或者提起公诉的；入网食品生产经营者因食品安全犯罪被人民法院判处刑罚的；入网食品生产经营者因食品安全违法行为被公安机关拘留，或者予以其他治安管理处罚的；入网食品生产经营者被食品药品监督管理等部门依法作出吊销许可证、责令停产停业等处罚的。
