新疆棉向内地移库的两种途径是铁路运输和公路运输。在公路与铁路运输
9月21日，被称为史上*严限超令的《超限运输车辆行驶公路管理规定》开始实行，该规定降低了超限超载标准吨位，导致皮棉公路出疆运输费用有较大幅度上涨，原来六轴车可装152 0173 3840-175件，现在只能装130-135件，理论上，这将使得棉花运输成本至少上涨20%。在此情况下，10月初新疆棉向内地移库的汽运价格上调100元/吨左右，10月中下旬上调120-150元/吨，11月份汽运费用全线上调100-200元/吨，累计涨幅超300元/吨。由于汽运费用的上调，棉企又将目光转移到了铁运，那么铁路运价怎么样呢？据乌鲁木齐铁路局规定，11月1日起，58-60吨棚车运费由之前的下调7%恢复至原价，70吨棚车运费下调8%。
不管是铁运还是汽运，运费都有明显上涨，新疆棉企接受高额的运费，那么新疆棉向内地销售的问题就能解决了吗？并非如此，据奎屯地区仓库介绍，周边铁路运输已经全部预定至12月中旬，眼下正值新疆大枣、核桃等农产品以及能源集中出疆的时候，加上公路运输成本增加，导致大量出疆棉花流向铁路，加剧了车皮紧张的情况。汽运方面，虽然运费有所上涨，但车队、个体司机并不感冒。11、12月份疆内棉花短倒入库压力仍很大，司机不愁没有活干，再加上疆内一辆车可以运输186包(出疆只能装运133包左右)、时间短、收入高，加之新疆地区低温、降雨、降雪天气到来，向内地运输周期长、危险较大，因此疆内车辆并不愿意出疆。
这样看来，新疆棉大量向内地移库销售还需时日，内地纺企若不能及时用上新疆棉，也可以考虑使用地产棉。从2016年公证检验数据来看，今年不少地区的地产棉指标有明显提高，可以满足部分纺企需求。
