棉籽重量的60%左右是棉仁，40%左右是棉籽壳和短绒，棉仁中主要成分是油脂和蛋白质。每吨棉籽约可生产150~160公斤棉籽油，450公斤左右棉饼粕(棉仁)，260公斤左右棉籽壳和90公斤左右短绒。棉仁中含有40%左右的油脂，其中70%以上是不饱和脂肪酸，其中人体所必需的亚油酸又占一半多，还富含维生素E， 是人类的优质食用油，在世界范围内被广泛作为食用烹调油，供应量仅次于大豆，占世界五大植物油的第二位。棉籽壳富含纤维素和木质素，我国目前除用作反刍动 物粗饲料外，广泛用作食用菌培养基培养蘑菇、平菇、香菇、金针菇、猴头菇、木耳、灵芝等，每百公斤棉籽壳一般可生产鲜平菇或猴头100公斤或鲜木耳70~80公斤。
不脱壳棉籽榨油后的棉籽饼粕含有较多粗纤维，在我国主要用作有机肥料，脱壳后榨油的棉仁饼粕或棉仁粉，蛋白质含量达50%~60%，并含有多种维生素和人畜必需的氨基酸，其氨基酸含量比大米、小麦、玉米都显著的高。但长期以来，棉籽蛋白的利用受到很大的限制，这是因为目前大量种植的栽培品种的种胚内布满黑褐色素腺体，内含一种多酚类化合物(C30H30O8)被 秒为棉酚或棉毒，它是棉属植物所共有，在棉株器官中以结合棉酚和游离棉酚两种形式存在。前者无毒，后者可在生物体中与酶和蛋白质结合，破坏蛋白质的可消化 性，使胃粘膜组织易受破坏并引起消化功能紊乱，所以对人和单胃动物有毒，牛羊等反刍动物由于胃中的微生物发酵作用，可使棉酚变成无毒或低毒的物质。国际卫 生组织规定，棉仁中游离棉酚含量的食用安全标准为0.02%~0.04%，在陆地棉棉籽中，一般游离棉酚占干仁重的0.85%左右，结合棉酚占0.15左 右。游离棉酚经加热处理或化学脱毒处理后虽然可降低含量，但加热后会使蛋白质遭到破坏，降低其营养价值，各种化学脱毒处理工艺复杂，资金、能源消耗大。因 此，这些人工脱毒在实际利用上有很大的局限性，难于普遍推广。目前棉籽的综合利用，除棉籽榨油外，棉籽饼粕及棉仁粉的利用大多还只局限于用作反刍动物的粗 饲料或有机肥料的肥田。这样，一方面全世界一些发展中国家，包括我国在内，在人们每天的膳食中摄取的蛋白质含量不足或严重不足，特别是发展畜牧养殖业受蛋 白质饲料严重不足的制约；另一方面，大量营养价值很高的棉籽蛋白仅因为含有有毒的棉分配而不能被充分利用，棉籽蛋白这项可贵的资源亟待开发利用。
棉花副产品除棉籽外还有棉秆可以代替木材制作刨花板、纤维板、吸音板等板材和建材，也可作为造纸原料，棉秆粉碎后可作食用菌的培养基。
