作为“长江三鲜”之首，刀鲚的资源保护一直备受关注。长江流域刀鲚资源组成复杂，除长颌鲚外，还分布有短颌鲚种群。两者皆有溯河洄游和淡水定居的生态表型的相似性，给刀鲚资源的精准保护带来了困难。虽然目前认为两者均为刀鲚，但除了在形态（上颌骨长度、耳石形态等）上有着明显的区别外，两者生境履历特征也有着巨大的差异。
长颌鲚与短颌鲚物种地位的争论由来已久。早期学者基于生
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