《指导意见》提到，近年来，长江经济带相关省市不断加强农业农村面源污染治理工作，取得了一定成效。但由于资源开发强度大、生产经营方式不合理、历史欠账多等原因，农业农村面源污染仍是长江水体污染的重要来源之一。
《指导意见》要求，到2020年，农业农村面源污染得到有效治理，种养业布局进一步优化，农业农村废弃物资源化利用水平明显提高，绿色发展取得积*成效，对流域水质的污染显著降低。其中，重要河流湖泊、水环境敏感区和长三角等经济发达地区，要进一步强化治理措施，提高治理要求。
农田污染治理方面，减少化肥农药使用量，实现主要农作物化肥农药使用量负增长。提高农业资源、投入品利用效率和废弃物回收利用水平，化肥农药利用率提高到40%以上，测土配方施肥技术覆盖率提高到90%以上，病虫害绿色防控覆盖率提高到30%以上，专业化统防统治率提高到40%以上，农田灌溉水有效利用系数提高到0.55以上，秸秆综合利用率提高到85%以上，农田残膜回收率提高到80%以上。
养殖污染治理方面，畜禽养殖污染得到严格控制，养殖废弃物处理和资源化利用水平显著提升。畜禽粪污综合利用率提高到75%以上，规模养殖场粪污处理设施装备配套率提高到95%以上，大型养殖场2019年底前达到****。水产生态健康养殖水平进一步提升，4主产区水产养殖尾水实现有效处理或循环利用。
农村人居环境治理方面，行政村农村人居环境整治实现全覆盖，垃圾污水治理水平和卫生厕所普及率稳步提升。90%左右的村庄生活垃圾得到治理，基本完成非正规垃圾堆放点整治，有较好基础的地区农村卫生厕所普及率提高到85%左右，农村生活污水治理水平明显提高，乱排乱放得到有效管控。
