国内外开展微生物检验的食品种类较多，食品分类方法也不尽相同。总的来看涉及微生物检验的食品种类主要有：奶制品、预烹煮食品、
我国开展微生物检验的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
微生物检测项目
序号 | 检测项目 | 检测内容 |
1 | 常规项目 | 菌落总数、大肠菌群、大肠埃希氏菌、霉菌、酵母菌、商业无菌等 |
2 | 其他项目 | 沙门氏菌 单核增生李斯特氏菌 志贺氏菌 金黄色葡萄球菌 副溶血性弧菌 创伤孤菌 溶血性链球菌 产气荚膜梭菌 致泻大肠埃希氏菌 |