1.清沟沥水。涝灾发生后立即清理田间沟系，抢时间排涝，疏通及加深排水沟，尽快降低地下水位，防渍害，保证棉花正常生长。同时要抓紧洗苗，把叶片、茎秆上的糊泥洗净，以恢复叶片正常的光合作用。
2.及时扶苗。灾后棉花根系受损，棉株容易倒伏，待晴后1～2天叶片基本恢复正常后扶正倒伏棉株，应沿倒势扶正，扶正时要注意轻扶，避免折断枝叶，防止根系再受新伤。
3.松土培根。下雨后地块易板结，应及时松土培根，破除土壤表面板结层，增加土壤通透性，改善根系环境，促进根系恢复，以增强抗逆性。
4.防病施药。注意防治棉花枯黄萎病，用“纹枯净”1包对水50斤喷雾,或渝峰·99植保1:300倍液喷施正反叶面预防苗病，已经感染棉花枯黄萎病的病株，用99植保1瓶加适量沼气液、稀薄腐熟人畜粪对水80～100斤灌蔸，促使病株恢复正常。还可以叶面喷施磷酸二氢钾，共施2～3次。
5.科学追肥。看苗施肥，先施恢复肥，晴后每亩撒施尿素5公斤左右，然后在7月初之前，选择好时间和天气尽快将花铃肥埋施，使棉花转入增节、增蕾和开花、结铃时期。长势太弱、倒伏严重的可以缓施。
对活水淹苗3天以上但是顶心未淹没的，在雨停退水时，边退水边洗苗，尽快让棉苗恢复生长；对死水淹苗且棉苗全部淹没的，天晴后水不易排除，易造成大面积死苗，建议改种玉米、芝麻等其它作物，对水源条件好的改种水稻。
