荧光检测器在黄曲霉毒素检测中的应用较早，技术较为成熟。黄曲霉毒素共有的香豆素结构使荧光检测法成为首要检测方法，黄曲霉毒素在波长360nm的激发光下能发射出波长420nm的荧光。由于B1和G1分子的二呋喃结构中碳碳双键的吸电子诱导效应，致使分子荧光强度减弱，影响了方法的灵敏度和检出限。
通过对双键衍生变成饱和碳碳单键可增强B1和G1的荧光强度，通常采用的衍生法有柱前三氟乙酸衍生、柱后碘衍生、柱后溴衍生和柱后光化学衍生，这四种衍生方法目前均被AOAC官方方法采用。
柱前三氟乙酸衍生时需要在前处理部分增加衍生步骤，增加了前处理的时间以及结果的不确定度，同时B1、G1的衍生产物B2a、G2a存在稳定性的问题。碘衍生法是饱和碘溶液和B1、G1在60～75 ℃下发生衍生反应，由于衍生池增加了柱后死体积，易造成色谱峰变宽，且每次都要配制新鲜的溶液。溴比碘的氧化性更强，反应效率更高，但由于溴本身不稳定，不宜直接作为衍生试剂使用，衍生时采用以下两种方式，一种是在柱后衍生泵中加入三溴化吡啶鎓（PBPB），室温下与B1、G1发生反应；另一种是在流动相中加入溴化钾和硝酸，利用Kobra cell仪电化学在线产生的溴进行柱后衍生。
光化学衍生（PHRED）是将反应线圈绕在紫外灯外，当流动相进过反应线圈时，B1、G1被衍生成荧光较强的B2a、G2a，类似于B1、G1和三氟乙酸的反应。Walking[37]将光化学衍生和Kobra cell电化学衍生法、碘衍生法进行了比较，在花生中光化学衍生具有和后两者相当的效果，但在玉米中偏差较大。除化学衍生外，环糊精也可以增强黄曲霉毒素B1、G1和M1的荧光强度，不过环糊精和黄曲霉毒素间的作用机制尚无定论。
荧光检测法需要在提取阶段进行比较才彻底的净化，任何残留的荧光性杂质都可能造成对阳性的误判，报出假阳性的结果。荧光检测法必须确保目标物的完全分离，当其他真菌毒素和黄曲霉毒素同时检测时，就对分离提出了更高的要求。
