在接种环节，污染食用菌菌种的杂菌很多，包括细菌、霉菌、酵母菌、放线菌等。如果在接种前及接种中，能够有效灭杀环境的微生物，将有效的提高食用菌的接种成功率。专业从事食品消毒技术研发、制造的上海康久消毒技术有限公司董迎红经理告知：菌种遭受微生物污染的原因主要有以下几方面：
一、菌种培养室阴暗潮湿、空气污浊，空气中含很多杂菌，污染了食用菌菌种。采用双核技术的臭氧发生器或不衰减技术臭氧发生器（专业消毒设备，二选一）进行消毒，臭氧的杀菌浓度≥10ppm，达到杀菌浓度后再持续开机30分钟，可以有效的杀灭旮旮旯旯内的各种霉菌、自然菌等。
二、接种室消毒不严。未采用合适的方法，对接种室进行有效的杀菌消毒。采用“白+黑”杀菌工艺，所谓“动态消毒”即需要动态消毒和静态消毒的配套进行。
白天工人工作的时候采用动态消毒设备：如食品动态消毒机，近年来这一设备也广泛用于一些大型食品企业的包装、冷却及灌装环节，是真正意义上的食品企业专用的动态消毒设备。在动态有人情况下，采用Nicoler杀菌腔杀菌；其消毒过程为：开机时，将室内的含菌空气吸到机器内，在等离子体静电场内施加0.5-1.2万伏高压，产生高浓度的离子体，使通过含菌空气迅速被*化，高压电荷瞬间释放能量击穿微生物细胞壁，从而导致细菌死亡。在对消毒灭菌时，人可同时在室内生产生活，对人体无危害；主要用于在有人工作的情况下，同步动态杀菌消毒，使受控环境保持在“无菌无尘”标准。由于在对车间消毒时，人可同时在车间内工作，所以，该种杀菌机称作食品动态消毒。该机器是一种成熟的消毒技术，对人体没有任何伤害，主要用于在有人工作的情况下同步动态杀菌消毒。
晚上工人下班后采用静态消毒设备，一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌，利用臭氧消毒能够有效地灭活各种细菌。专业从事臭氧杀菌技术研发、制造的上海康久消毒技术有限公司董迎红经理告知：臭氧杀菌后，必须进行严格的杀菌效果验证，才能保障食品安全，其验收标准如下：1、常规企业的臭氧杀菌默认标准：闻到臭氧味道就具备杀菌效果：臭氧浓度≥0.5ppm即可去除异味；0.5～1.0ppm即可杀灭空气中80%自然菌，浓度越高杀菌效果就越好；需要说明的是，相对湿度＜45%，臭氧对空气环境中微生物几乎没有杀灭作用，在≥60%时逐渐增强，在95%时达到*大值。2、对产品质量要求较高企业的标准，10万等级净化车间验收浓度≥10ppm，达标浓度≤60分钟；达到规定各级别规定浓度后，再持续杀菌30分钟即可完成完整的杀菌过程。
三、培养料灭菌不彻底，被杂菌污染。灭菌不彻底的原因主要有：1）灭菌操作不当。采用常压100℃、6-8小时或高压121℃、0.5-2小时的灭菌方法，均能杀死一般杂菌的菌丝体与孢子。目前，食用菌培养料多采用常压灭菌或高压灭菌方法。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大，不容易达到完全灭菌的效果；而高压灭菌法的效果更好。2）培养料的不同。制作菌种所需材料的种类、培养料的含菌量、含水量以及酸碱度等因素都会影响灭菌效果。应根据不同培养料的特性，选择相应的灭菌时间。3）菌种包装容器的影响。制种时，一般用瓶或袋包装菌种。塑料袋传热速度快，而玻璃瓶传热速度则慢些。在相同培养料、使用相同的灭菌方法时，瓶装料要比袋装料灭菌时间更长。
四、菌种中含有杂菌。用于扩大培养的食用菌菌种的原种本身必须是纯菌，这样才能保证菌种的单一性。如果食用菌菌种中含有杂菌，则会导致接种率下降。
五、接种人员操作不当。食用菌接种过程需要严格的无菌操作环境，如操作不规范，则易导致培养料被杂菌污染。污染培养料的杂菌一般是接种室空气中的杂菌、菌袋表面的杂菌以及接种人员的体表杂菌等，采用“白＋黑”的杀菌组合工艺，可以有效控制杂菌污染问题，也可以有效的提高食用菌接种的成功率。
